mehrere Zieldateien für mehrere Eingabedateien einstellen - sortBam

Question

Als Vorwort, sie ist ganz neu mit R.

ich mit dem Paket Rsamtools zu tun habe, und ich versuche, bam Dateien zu sortieren. Ich verwende den sortBam() Befehl, der die folgenden Informationen erfordert:

sortBam(file, destination, ...). 

Ich habe ein R-Objekt mit dem 5 bamfiles:

bamfiles <- list.files(fileDir, pattern = "\\.bam", full.names = TRUE) 

wo filedir = Objekt enthält Dateipfad.

Was ich nicht tun kann, ist die Zieldatei festzulegen, so dass jede der 5 nicht sortierten Bam-Dateien ihre eigene Ausgabedatei erhält. Z.B. file1.bam -> Datei1.sorted.bam ... file5.bam -> file5.sorted.bam. Ich habe herumgesucht und die Antwort nicht gefunden (oder gewusst), so dass jede Hilfe geschätzt wird.

Vielen Dank für die Hilfe

Answer 1

Sie haben unterschiedliche Verzeichnisse in drei 3 bam Dateien Angenommen.

bams <- list.files(".", patter="*.bam", full=T, recur=T) 
bams 
# [1] "./d1/100.bam" "./d2/11.bam" "./d3/28.bam" 

Als sortBam kann nur eine Art bam-Datei für eine Zeit, können Sie for zu Schleife über die drei bam-Dateien verwenden.

Stellen Sie zuerst die richtigen Ziele ein.

des <- gsub("bam", "sorted", bams) 
des 
# [1] "./d1/100.sorted" "./d2/11.sorted" "./d3/28.sorted" 

Die Art Teil:

for (i in 1:length(bams)) { 
    sortBam(bams[i], des[i]) 
} 

Die Ergebnisdateien auf der Festplatte.

ll -htr * 
d1: 
total 72K 
-rw-rw-r-- 1 35K Apr 8 2016 100.bam 
-rw-rw-r-- 1 35K Apr 8 2016 100.sorted.bam 

d2: 
total 64K 
-rw-rw-r-- 1 30K Apr 8 2016 11.bam 
-rw-rw-r-- 1 31K Apr 8 2016 11.sorted.bam 

d3: 
total 80K 
-rw-rw-r-- 1 40K Apr 8 2016 28.bam 
-rw-rw-r-- 1 40K Apr 8 2016 28.sorted.bam