3D-Plot der Liste (hist, bin_edges), in den Histogramm-Balkendiagramm oder Linien in dem z-y-Ebene

Question

EDIT sind - überarbeitet Frage

Ich brauche für 50 Generationen von Computerprogrammen ein 3D-Histogramm von Fitnessdaten zu drucken. Diese Daten werden berechnet und in einem Logbuch mit dem DEAP-Framework gespeichert. Die Form des Diagramms muss mit der Fitnessfrequenz auf der z-Achse, der Generierung auf der x-Achse und bin_edges auf der y-Achse übereinstimmen. Die Linien für das Histogramm liegen also in der z-y-Ebene für jede Generation auf der x-Achse.

Die Häufigkeitsdaten für jede Generation sind in einer Reihe von Formularen (#generations, #bin_edges) enthalten, die durch Ausführen von np.histogram() für jede Generation gewonnen werden.

histograms = [el[0] for el in logbook.chapters["fitness"].select("hist")] 

histograms.shape 
(51, 10) # (num gen, num bins) 

print (histograms) # excerpt only 
[[ 826. 145. 26. 2. 1. 0. 0. 0. 0. 0.] 
[ 389. 446. 145. 16. 4. 0. 0. 0. 0. 0.] 
[ 227. 320. 368. 73. 12. 0. 0. 0. 0. 0.] 
[ 199. 128. 369. 261. 43. 0. 0. 0. 0. 0.] 
[ 219. 92. 158. 393. 137. 1. 0. 0. 0. 0.] 
[ 252. 90. 91. 237. 323. 6. 1. 0. 0. 0.] 
[ 235. 89. 69. 96. 470. 36. 5. 0. 0. 0.] 
[ 242. 78. 61. 51. 438. 114. 16. 0. 0. 0.] 
[ 235. 82. 52. 52. 243. 279. 57. 0. 0. 0.]] 

bin_edges 
array([ 0., 9., 18., 27., 36., 45., 54., 63., 72., 81., 90.]) 

gen 
[0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, ...] 

Ich habe mehrere Versuche gemacht, aber kann nicht scheinen, um die Histogramm-Daten in das richtige Format zu bekommen, oder möglicherweise für matplotlib axes.bar zu gestalten.

VERSUCH 2: beschäftigt Nacharbeiten

import matplotlib.pyplot as plt 
import matplotlib as mpl 
import numpy as np 
xedges = list(gen) 
yedges = list(bin_edges) 
H = histograms.T 

fig=plt.figure() 
# error on this line: TypeError: list indices must be integers or slices, not list 
ax = fig.add_subplot(133, title='NonUniformImage: interpolated', aspect='equal', \ 

xlim=xedges[[0, -1]], ylim=yedges[[0, -1]]) 
im = mpl.image.NonUniformImage(ax, interpolation='bilinear') 
xcenters = (xedges[:-1] + xedges[1:])/2 
ycenters = (yedges[:-1] + yedges[1:])/2 
im.set_data(xcenters, ycenters, H) 
ax.images.append(im) 
plt.show() 

VERSUCH 1:

fig = plt.figure() 
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d') 
# I have a list of len(gen) histograms 
# with an array of freq count for each bin 

xs = list(gen) 
ys = list(bin_edges) 
zs = hist.T #ndarray 


# error occurs here as 
# ValueError: shape mismatch: objects cannot be broadcast to a single shape  
ax.bar(xs, ys, zs) 
plt.show() 

Answer 1

Ich benutze mplot3d und bar3d-hist wie folgt zu zeichnen:

---

#!/usr/bin/python3 
# 2017.12.31 18:46:42 CST 
# 2017.12.31 19:23:51 CST 
import numpy as np 
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 
import matplotlib.pyplot as plt 
import numpy as np 

## the hist data 
data = np.array([ 
     np.array([826, 145, 26, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0]), 
     np.array([389, 446, 145, 16, 4, 0, 0, 0, 0, 0]), 
     np.array([227, 320, 368, 73, 12, 0, 0, 0, 0, 0]), 
     np.array([199, 128, 369, 261, 43, 0, 0, 0, 0, 0]), 
     np.array([219, 92, 158, 393, 137, 1, 0, 0, 0, 0]), 
     np.array([252, 90, 91, 237, 323, 6, 1, 0, 0, 0]), 
     np.array([235, 89, 69, 96, 470, 36, 5, 0, 0, 0]), 
     np.array([242, 78, 61, 51, 438, 114, 16, 0, 0, 0]), 
     np.array([235, 82, 52, 52, 243, 279, 57, 0, 0, 0]) 
     ]) 

## other data 
fig = plt.figure() 
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d') 
colors = ["r","g","b"]*10 

## Draw 3D hist 
ncnt, nbins = data.shape[:2] 
xs = np.arange(nbins) 
for i in range(ncnt): 
    ys = data[i] 
    cs = [colors[i]] * nbins 
    ax.bar(xs, ys.ravel(), zs=i, zdir='x', color=cs, alpha=0.8) 

ax.set_xlabel('idx') 
ax.set_ylabel('bins') 
ax.set_zlabel('nums') 
plt.show()