Mehrere grid.draw Plots mit einer Funktion zum Zeichnen

Question

Ich habe Datenrahmen auf this link (Dateiname = Fish11a.rda)

load("Fish11a.rda") 
df=Fish11a 
df=data.frame(Time=as.factor(df[,6]),RoiID=df[,3],Diameter=df[,8]) 
df$Time.hours=rep(1:10,each=104*max(df$RoiID),len=nrow(df)) 
df$Time <- factor(df$Time, levels=rev(levels(df$Time))) 
df1=split(df,df$Time.hours) 

Jetzt habe ich 10 Datenrahmen von df1: df1$"1",df1$"2",.....,df1$"10"

Dann wird ein ein schrieb hle1 Funktion machen Plots aus diesen Daten:

hle1=function(dfr,br,tenplot,tenfile) { 
 
    require(ggplot2) 
 
    require(gtable) 
 
    library(grid) 
 
    bre=lapply(split(df,df$Time.hours), function(x) { 
 
    br=data.frame(x[c(1,round(nrow(x)*(1:4)/4)),]) 
 
    br$Min=c(0,15,30,45,60) 
 
    return(br) 
 
    }) 
 
    #start plot 
 
    g=ggplot(data=dfr, aes(x=factor(RoiID), y=Time, fill = Diameter)) + 
 
    theme_minimal() + coord_fixed(ratio=1) + 
 
    geom_tile(colour = NA, width = 1.5, height = 1)+ 
 
    scale_fill_gradient(low="black",high="white")+ 
 
    theme(axis.title.x=element_blank(), 
 
     axis.text.x=element_blank(), 
 
     axis.ticks.x=element_blank())+ 
 
    scale_x_discrete(expand = c(0,0))+ 
 
    scale_y_discrete(name="Time (min)", 
 
        expand = c(0,0), 
 
        breaks=br$Time,labels=br$Min)+ 
 
    theme(axis.ticks.length = unit(0, "lines"))+ 
 
    ggtitle(tenplot) 
 
    
 
# calculate segment coordinates 
 
segs <- c(.39, .23, .23, .15) 
 
segs_center <- cumsum(segs) - segs/2 
 
seg_ticks <- cumsum(segs)[1:3] 
 
seg_labels <- paste("Seg", seq_along(segs)) 
 

 
# create graphicaal objects and gather as tree 
 
grobs <- grobTree(linesGrob(c(0,1), c(-1,-1),gp=gpar(lwd=3)), 
 
        segmentsGrob(x0=seg_ticks, x1=seg_ticks, y0=0, y1=-4,gp=gpar(lwd=3)), 
 
        textGrob(x=segs_center, y=-3.5, 
 
          label = seg_labels, hjust = .5, gp = gpar(cex =.9))) 
 

 
# insert grobsTree in as annotation 
 
g <- g + annotation_custom(grob = grobs, 
 
          ymin = -.3, ymax = 0.2, 
 
          xmin = .25, xmax = max(dfr$RoiID)) 
 

 
# override clipping for plotting outside of plotting area 
 
gt <- ggplot_gtable(ggplot_build(g)) 
 
gt$layout$clip[gt$layout$name == "panel"] <- "off" 
 
grid.newpage() 
 
grid.draw(gt)}

werde ich die Funktion hle1 verwenden, um Plot für die zehn Datenrahmen oben (df1 $ "1", ..., df1 $ "10")

Und dann zu machen, ich will 10 Parzellen setzen gemacht in einer Figur durch grid.arrange und speichern als tiff.file

tiff(file="test11.tiff", width = 17,height=30, units = 'cm', res = 300) 
 
require(gridExtra)   
 
grid.arrange(hle1(df1$"1",bre$`1`,c("1 hour-feed")), 
 
      hle1(df1$"2",bre$`2`,c("2 hours-feed")), 
 
      hle1(df1$"3",bre$`3`,c("3 hours-feed")), 
 
      hle1(df1$"4",bre$`4`,c("4 hours-feed")), 
 
      hle1(df1$"5",bre$`5`,c("5 hours-feed")), 
 
      hle1(df1$"6",bre$`6`,c("6 hours-feed")), 
 
      hle1(df1$"7",bre$`7`,c("7 hours-feed")), 
 
      hle1(df1$"8",bre$`8`,c("8 hours-feed")), 
 
      hle1(df1$"9",bre$`9`,c("9 hours-feed")), 
 
      hle1(df1$"10",bre$`10`,c("10 hours-feed")), 
 
          ncol=5,top="Fish 11 - feed") 
 
dev.off()

Aber ich habe nur eine Plots von DF1 $ "10". Weiß jemand von euch warum? Ich schätze Ihren Wert Zeit auf meine lange Frage.

Answer 1

Ich sehe mehrere Probleme in Ihrem Code. Die Variable bre wird an die hle1-Funktion übergeben, scheint aber nur innerhalb dieser Funktion berechnet zu werden. Ein anderes Problem ist, dass Sie das Ergebnis der hle1-Funktion nicht zurückgeben, sondern es innerhalb dieser Funktion plotten. Wenn Sie grid.draw(gt) durch gt ersetzen, funktioniert der Code möglicherweise.

Dies ist der Code, dass ich aktualisiert und die für mich gearbeitet:

load("Fish11a.rda") 
df=Fish11a 
df=data.frame(Time=as.factor(df[,6]),RoiID=df[,3],Diameter=df[,8]) 
df$Time.hours=rep(1:10,each=104*max(df$RoiID),len=nrow(df)) 
df$Time <- factor(df$Time, levels=rev(levels(df$Time))) 
df1=split(df,df$Time.hours) 

hle1=function(dfr,tenplot) { 
    require(ggplot2) 
    require(gtable) 
    library(grid) 
    br=lapply(split(df,df$Time.hours), function(x) { 
    br=data.frame(x[c(1,round(nrow(x)*(1:4)/4)),]) 
    br$Min=c(0,15,30,45,60) 
    return(br) 
    }) 
    #start plot 
    g=ggplot(data=dfr, aes(x=factor(RoiID), y=Time, fill = Diameter)) + 
    theme_minimal() + coord_fixed(ratio=1) + 
    geom_tile(colour = NA, width = 1.5, height = 1)+ 
    scale_fill_gradient(low="black",high="white")+ 
    theme(axis.title.x=element_blank(), 
      axis.text.x=element_blank(), 
      axis.ticks.x=element_blank())+ 
    scale_x_discrete(expand = c(0,0))+ 
    scale_y_discrete(name="Time (min)", 
        expand = c(0,0), 
        breaks=br$Time,labels=br$Min)+ 
    theme(axis.ticks.length = unit(0, "lines"))+ 
    ggtitle(tenplot) 

    # calculate segment coordinates 
    segs <- c(.39, .23, .23, .15) 
    segs_center <- cumsum(segs) - segs/2 
    seg_ticks <- cumsum(segs)[1:3] 
    seg_labels <- paste("Seg", seq_along(segs)) 

    # create graphicaal objects and gather as tree 
    grobs <- grobTree(linesGrob(c(0,1), c(-1,-1),gp=gpar(lwd=3)), 
        segmentsGrob(x0=seg_ticks, x1=seg_ticks, y0=0, y1=-4,gp=gpar(lwd=3)), 
        textGrob(x=segs_center, y=-3.5, 
          label = seg_labels, hjust = .5, gp = gpar(cex =.9))) 

    # insert grobsTree in as annotation 
    g <- g + annotation_custom(grob = grobs, 
           ymin = -.3, ymax = 0.2, 
           xmin = .25, xmax = max(dfr$RoiID)) 

    # override clipping for plotting outside of plotting area 
    gt <- ggplot_gtable(ggplot_build(g)) 
    gt$layout$clip[gt$layout$name == "panel"] <- "off" 
    grid.newpage() 
    #grid.draw(gt) 
    gt 
} 
#Run code snippetCopy snippet to answerExpand snippet 
#I will use the function "hle1" to make plot for the ten data frames above (df1$"1",...,df1$"10") And then, I want to put 10 plots made into one figure by grid.arrange and save as a tiff.file 

tiff(file="test11.tiff", width = 17,height=30, units = 'cm', res = 300) 
require(gridExtra) 
grid.arrange(hle1(df1$"1",c("1 hour-feed")), 
      hle1(df1$"2",c("2 hours-feed")), 
      hle1(df1$"3",c("3 hours-feed")), 
      hle1(df1$"4",c("4 hours-feed")), 
      hle1(df1$"5",c("5 hours-feed")), 
      hle1(df1$"6",c("6 hours-feed")), 
      hle1(df1$"7",c("7 hours-feed")), 
      hle1(df1$"8",c("8 hours-feed")), 
      hle1(df1$"9",c("9 hours-feed")), 
      hle1(df1$"10",c("10 hours-feed")), 
      ncol=5,top="Fish 11 - feed") 
dev.off() 

#Run code snippetCopy snippet to answer 

Sie auch Plots innerhalb ggplot zum Kombinieren suchen in Facettennetz möchten: http://docs.ggplot2.org/current/facet_grid.html