R - 3Dplot - Hinzufügen einer Bedingung auf Transparenz

Question

Ich habe Probleme mit scatter3D von plot3D Paket.

Ich möchte in der Lage sein, eine Transparenzschwelle auf meine Colvar setzen. Zum Beispiel, unten, sollte ich jeden Punkt mit der colvar<100 (also von rot bis zur Mitte von grün) voll transparent haben. Ich verstehe nicht, warum nicht die Hälfte des colkey (und die entsprechenden Punkte;)) verschwinden. Haben Sie eine Idee?

Hier sind meine Daten: http://s000.tinyupload.com/?file_id=00763309738825363461

Und mein Code:

err_tab2=read.table("Err_tab.txt",header=T) 

colfunc<-colorRampPalette(c("red","yellow","green","turquoise2","blue")) 


    par(mfrow = c(1, 1)) 
    panelfirst <- function(pmat) { 
    zmin <- min(err_tab2$z) 
    XY <- trans3D(err_tab2$x, err_tab2$y, 
        z = rep(zmin, nrow(err_tab2)), pmat = pmat) 
    scatter2D(XY$x, XY$y, colvar = err_tab2$colour, pch = ".", 
       cex = 1, add = TRUE, colkey = FALSE) 
    xmin <- min(err_tab2$x) 
    XY <- trans3D(x = rep(xmin, nrow(err_tab2)), y = err_tab2$y, 
        z = err_tab2$z, pmat = pmat) 
    scatter2D(XY$x, XY$y, colvar = err_tab2$colour, pch = ".", 
       cex = 1, add = TRUE, colkey = FALSE) 
    } 

    with(err_tab2, scatter3D(x = x, y = y, z = z, colvar= (colour), col=alpha.col(colfunc(length(colour)), 
                       alpha =colour<100), 
          pch = 16, cex = 1, xlab = "x", ylab = "y", 
          zlab = "z", clab = c(""), 
          main = paste("Model"), ticktype = "detailed", 
          panel.first = panelfirst, theta = 330,phi=10, y = 2, 
          colkey = list(length = 0.5, width = 0.5, cex.clab = 0.75)) 
) 

Hinweis:

: In der Tat würde ich wie eine Bedingung für jeden Punkt haben möchte

alpha=(err_tab2$colour-min(err_tab2$colour))/(max(err_tab2$colour)-min(err_tab2$colour))>0.2 

In meinen Gedanken, Dies sollte jeden Punkt verbergen, für den "Farbe" zu den ersten 20% des Satzes gehört. Weil F=0=100%transparency und T=1=100%opacity.

Aber wenn ich das versuche ich das genaue Gegenteil erhalten (zusätzlich zu vorherigem Problem, das ich denke):

eine Idee? :)

Answer 1

Hier ist die Antwort, die ich gesucht habe. Um nur Punkte mit einem Wert in den ersten 20% des Satzes zu filtern:

col_level=sort(as.numeric(levels(as.factor(err_tab2$colour)))) 

with(err_tab2, scatter3D(x = x, y = y, z = z, colvar= (colour), col=alpha.col(colfunc(length(colour)), 
           alpha =(col_level-min(col_level))/(max(col_level)-min(col_level))<0.20)), 
           pch = 16, cex = 1, xlab = "x", ylab = "y", 
           zlab = "z", clab = c(""), 
           main = paste("Model"), ticktype = "detailed", 
           panel.first = panelfirst, theta = 330,phi=10, y = 2, 
           colkey = list(length = 0.5, width = 0.5, cex.clab = 0.75)) 
)