Code auf verschiedenen Untergruppen ausführen

Question

Ich habe einen data.frame mit mehreren tausend Zeilen. Ich lege mehrere Zeilen Code auf Teilmengen dieser Daten an.

Ich habe 4 Teilmengen in einer Spalte "mergeorder $ phylum":

[1] "ascomycota"  "basidiomycota" "unidentified" 
[4] "chytridiomycota" 

Und auf jeder Teilmenge habe ich diesen Satz von Funktionen separat anzuwenden:

ascomycota<-mergeorder[mergeorder$phylum %in% c("ascomycota"), ] 
group_ascomycota <- aggregate(ascomycota[,2:62], by=list(ascomycota$order), FUN=sum) 

row.names(group_ascomycota)<-group_ascomycota[,1] 
group_ascomycota$sum <-apply(group_ascomycota[,-1],1,sum) 

dat5 <-sweep(group_ascomycota[,2:62], 2, colSums(group_ascomycota[2:62]), '/') 
dat5$sum <-apply(group_ascomycota[,-1],1,sum) 
reorder_dat5 <- dat5[order(dat5$sum, decreasing=T),] 

reorder_dat5$OTU_ID <- row.names(reorder_dat5) 
FINITO<-reorder_dat5[1:15,] 

write.table(FINITO, file="output_ITS1/ITS1_ascomycota_order_top15.csv", col.names=TRUE,row.names=FALSE, sep=",", quote=FALSE) 

Dieser Code funktioniert . Allerdings möchte ich diesen Code anwenden, ohne jede "Ascomycota" manuell durch "Basidiomycota", "Unidentified" oder "Chytridiomycota" zu ersetzen.

Welche Funktion soll ich verwenden? Wie soll ich es benutzen? Ich habe mit sapply(), repeat() kämpfen, aber nicht weit gekommen.

Das Endergebnis sollte den gesamten Code ausführen und csv separate Dateien exportieren.

Vielen Dank für Ihre Antwort

Answer 1

Es ist in der Regel möglich, Code zu schreiben, die alle Untergruppen in einem Rutsch verarbeitet. Was Sie jedoch tun, ist ziemlich kompliziert. Das Beste, was zu tun ist, könnte sein, all das in einer Funktion zusammenzufassen und dann die Funktion für jede Teilmenge auszuführen. Etwas wie folgt aus:

subset_transform <- function(subset){ 
    t <-mergeorder[mergeorder$phylum %in% c(subset), ] 
    group_t <- aggregate(t[,2:62], by=list(t$order), FUN=sum) 

    row.names(group_t)<-group_t[,1] 
    group_t$sum <-apply(group_t[,-1],1,sum) 

    dat5 <-sweep(group_t[,2:62], 2, colSums(group_t[2:62]), '/') 
    dat5$sum <-apply(group_t[,-1],1,sum) 
    reorder_dat5 <- dat5[order(dat5$sum, decreasing=T),] 

    reorder_dat5$OTU_ID <- row.names(reorder_dat5) 
    FINITO<-reorder_dat5[1:15,] 

    write.table(FINITO, file = paste("output_ITS1/ITS1_", subset, "_order_top15.csv"), col.names=TRUE,row.names=FALSE, sep=",", quote=FALSE) 
} 

subset_transform("ascomycota") 
subset_transform("basidiomycota") 
subset_transform("unidentified") 
subset_transform("chytridiomycota")