Ok, ich denke, ich bin ziemlich nah dran, aber ich bekomme einen Fehler, wenn ich am Ende versuche, mein Boxplot zu erstellen. Mein Ziel ist es, Buchstaben mit statistischen Beziehungen zwischen den Zeitpunkten über jedem Boxplot zu platzieren. Ich habe auf dieser Website zwei Diskussionen darüber gesehen und kann die Ergebnisse aus ihrem Code reproduzieren, kann sie aber nicht auf meinen Datensatz anwenden.Tukeys post-hoc auf ggplot boxplot
Pakete
library(ggplot2)
library(multcompView)
library(plyr)
ist hier meine Daten:
dput(WaterConDryMass)
structure(list(ChillTime = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L,
2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 5L), .Label = c("Pre_chill",
"6", "13", "24", "Post_chill"), class = "factor"), dmass = c(0.22,
0.19, 0.34, 0.12, 0.23, 0.33, 0.38, 0.15, 0.31, 0.34, 0.45, 0.48,
0.59, 0.54, 0.73, 0.69, 0.53, 0.57, 0.39, 0.8)), .Names = c("ChillTime",
"dmass"), row.names = c(NA, -20L), class = "data.frame")
ANOVA und Tukey Post-hoc
Model4 <- aov(dmass~ChillTime, data=WaterConDryMass)
tHSD <- TukeyHSD(Model4, ordered = FALSE, conf.level = 0.95)
plot(tHSD , las=1 , col="brown")
Funktion:
generate_label_df <- function(TUKEY, flev){
# Extract labels and factor levels from Tukey post-hoc
Tukey.levels <- TUKEY[[flev]][,4]
Tukey.labels <- multcompLetters(Tukey.levels)['Letters']
plot.labels <- names(Tukey.labels[['Letters']])
boxplot.df <- ddply(WaterConDryMass, flev, function (x) max(fivenum(x$y)) + 0.2)
# Create a data frame out of the factor levels and Tukey's homogenous group letters
plot.levels <- data.frame(plot.labels, labels = Tukey.labels[['Letters']],
stringsAsFactors = FALSE)
# Merge it with the labels
labels.df <- merge(plot.levels, boxplot.df, by.x = 'plot.labels', by.y = flev, sort = FALSE)
return(labels.df)
}
Boxplot:
ggplot(WaterConDryMass, aes(x = ChillTime, y = dmass)) +
geom_blank() +
theme_bw() +
theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank()) +
labs(x = 'Time (weeks)', y = 'Water Content (DM %)') +
ggtitle(expression(atop(bold("Water Content"), atop(italic("(Dry Mass)"), "")))) +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5, face='bold')) +
annotate(geom = "rect", xmin = 1.5, xmax = 4.5, ymin = -Inf, ymax = Inf, alpha = 0.6, fill = "grey90") +
geom_boxplot(fill = 'green2', stat = "boxplot") +
geom_text(data = generate_label_df(tHSD), aes(x = plot.labels, y = V1, label = labels)) +
geom_vline(aes(xintercept=4.5), linetype="dashed") +
theme(plot.title = element_text(vjust=-0.6))
Fehler:
Error in HSD[[flev]] : invalid subscript type 'symbol'