extrahieren bz2 Datei und öffnen ncdf mit R

Question

Ich versuche, eine bz2 komprimierte netcdf-Datei von ftp zu öffnen, kann es aber nicht zum Laufen bringen. Jede Hilfe wird sehr geschätzt.

Ich habe versucht es direkt mit dem Öffnen:

url <- 'ftp://podaac-ftp.jpl.nasa.gov/allData/ghrsst/data/L4/GLOB/NCDC/AVHRR_OI/1982/001/19820101-NCDC-L4LRblend-GLOB-v01-fv02_0-AVHRR_OI.nc.bz2' 
nc_open(url) 

aber das funktioniert nicht (ich: Error in R_nc4_open: No such file or directory). Ich schätze wegen der Komprimierung, also habe ich versucht, die Datei zuerst herunterzuladen und zu dekomprimieren.

temp <- tempfile() 
download.file(url,temp) 
nc_open(bzfile(temp, '19820101-NCDC-L4LRblend-GLOB-v01-fv02_0-AVHRR_OI.nc', 'rb')) 

aber das funktioniert auch nicht und ich sowohl einen Fehler und eine Warnung:

Error in bzfile(temp, "19820101-NCDC-L4LRblend-GLOB-v01-fv02_0-AVHRR_OI.nc", : 
    cannot open the connection 
In addition: Warning message: 
In bzfile(temp, "19820101-NCDC-L4LRblend-GLOB-v01-fv02_0-AVHRR_OI.nc", : 
    cannot open bzip2-ed file '/var/folders/hs/k9t_8wxs2hn48qq4vp_7xmgm0000gn/T//Rtmpv9UIBr/filef5659606aee', probable reason 'Invalid argument' 

irgendwelche Ideen?

Dank

Answer 1

Dies scheint so, wie Sie es wollen arbeiten:

library(ncdf4) 
library(R.utils) 

URL <- "ftp://podaac-ftp.jpl.nasa.gov/allData/ghrsst/data/L4/GLOB/NCDC/AVHRR_OI/1982/001/19820101-NCDC-L4LRblend-GLOB-v01-fv02_0-AVHRR_OI.nc.bz2" 
bzfil <- basename(URL) 
if (!file.exists(bzfil)) download.file(URL, bzfil) 

fil <- bunzip2(bzfil, overwrite=TRUE, remove=FALSE) 

nc <- nc_open(fil) 
summary(nc) 

##    Length Class Mode  
## filename 1  -none- character 
## writable 1  -none- logical 
## id   1  -none- numeric 
## safemode 1  -none- logical 
## format  1  -none- character 
## is_GMT  1  -none- logical 
## groups  1  -none- list  
## fqgn2Rindex 1  -none- list  
## ndims  1  -none- numeric 
## natts  1  -none- numeric 
## dim   3  -none- list  
## unlimdimid 1  -none- numeric 
## nvars  1  -none- numeric 
## var   4  -none- list