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Hallo an alle dank mir zu helfen !!!wie man einige Änderungen in einem Perl-Skript machen
Ich habe eine Liste der taxonomischen Zuordnung (Liste von Qiime), und ich möchte eine Liste von Bakterien mit einer Liste aus einer TXT-Datei extrahieren; Ich habe diesen Code, der 2 Probleme darstellt, einer ist, dass die taxonomische Datei 2 Zeilen hat, die mit # beginnen (Liste von Qiime), der erste (# aus Biom Datei erstellt) ist derjenige, den ich vermeiden möchte, der zweite eine (#OTU ID ..... Proben) ist derjenige, der ich als Namen jeder Spalte verwenden, ich so etwas wie
if ($_=~ m/Constructed from biom file/){ next; }
in anderen Ort des Codes versucht, aber es nur don Es funktioniert nicht (aber wenn ich diese Zeile aus der Datei entferne, funktioniert es gut), aber der Punkt ist, dass ich die Datei nicht manipulieren möchte, deshalb möchte ich diese Zeile vermeiden.
Das zweite Problem (Nun ist ein Teil des Codes, ich weiß nicht, wie man es macht), das Skript hat eine Option -s, es bedeutet, dass, wenn ich eine bestimmte Spalte möchte, das Skript nur diejenigen extrahieren Ich gebe an (Beispiel: -s Beispiel1, Beispiel2, Beispiel..n), das Problem ist, dass die ausgewählten Beispiele manchmal Werte von Cero (0) in allen Spalten einer beliebigen Zeile (xRow 0.0 0.0 0.0) haben in diesem Fall muss es vermieden werden, in dem Skript verwende ich $ val [1], aber es ist nur für ein Beispiel, aber wenn es 2 oder mehr Proben ist, muss es vermeiden, wenn Cero in der ganzen Reihe vorhanden ist (in diesem Fall 3 Proben) .
Script:
#!/usr/bin/env perl
use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
use Data::Dumper qw(Dumper);
use List::MoreUtils qw(uniq);
use List::Util qw(sum);
my ($search_label, $infile_taxon, $infile_list, $output_file);
GetOptions (
'i=s' =>\$infile_taxon,
'l=s' =>\$infile_list,
's=s' =>\$search_label,
'o=s' =>\$output_file,
);
sub match_genera {
my ($List_File, $Taxon_File) = @_;
my @lista_genera = @{ $List_File }; # dereferencing and copying each array
my @taxon_qiime = @{ $Taxon_File };
my (@extract);
foreach (@lista_genera){
my $unit = $_;
chomp $unit;
my @match = grep (/$unit/, @taxon_qiime);
push (@extract, @match);
}
return @extract;
}
open INFILE_TAXONOMY, '<', "$infile_taxon" or die $!;
open LIST_BACTERIA, '<', "$infile_list" or die $!;
open OUTPUT, '>', "xfile2.txt" or die $!;
chomp (my @sample_names = split '\t', <INFILE_TAXONOMY>);
shift @sample_names;
unshift @sample_names, '#Genera';
my (@ToExtract, @no_match, @filter, @filter_columns);
# si ingresamos un -s
if ($search_label){
my @wanted= split (/\,/, $search_label);
unshift @wanted, '#Genera';
@wanted = uniq (@wanted);
foreach my $wanted_in (@wanted){
if (my @match = grep (/$wanted_in/, @sample_names)) {
push (@ToExtract, @match);
}
else {
push (@no_match, $wanted_in);
}
}
if (grep {defined($_)} @no_match){
print "\nSamples No Found: @no_match\n\n";
}
print OUTPUT join "\t", @ToExtract, "\n";
}
# si queremos toda la tabla !!
else{
@ToExtract = @sample_names;
print OUTPUT join "\t", @ToExtract, "\n";
}
# Extraer los varoles de cada linea para cada variable !!!
#my %row;
while (<INFILE_TAXONOMY>){
my %row;
@row{@sample_names} = split "\t";
@filter= join "\t", @row{@ToExtract};
push (@filter_columns, @filter); # ahora ya se puede usar con la
}
my @list;
foreach (<LIST_BACTERIA>){
if ($_=~ m/^#|^$/) { next; }
else { push @list, $_ }
}
my @filter_list = uniq (@list);
my @last = match_genera (\@filter_list, \@filter_columns);
my (@genera_taxon, @genera_final);
foreach (@last){
@genera_taxon = ($_ =~ m/;D_5__(\w.*)/g);
foreach (@genera_taxon){
if ($_ =~ m/^$/g) { next; }
else { push @genera_final, $_; }
}
}
foreach (@genera_final){ #split the line in a multiples var !!!
chomp;
my @val = split (/\t/, $_);
foreach ($val[1]){
if ($_ == 0){ next; }
else{print join "\t", @val,"\n";}
}
}
close INFILE_TAXONOMY;
close LIST_BACTERIA;
close OUTPUT;
exit;
taxonomischen Datei (Liste der qiime) ist ein Text Tab begrenzt !!!:
#Constructed from biom file
#OTU ID sample1 sample2 sample3
D_0__Bacteria;D_1__Acidobacteria;D_2__Holophagae;D_3__Subgroup 10;D_4__ABS-19;D_5__uncultured bacterium 0.002804 0.0073441109 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Acidobacteria;D_2__Holophagae;D_3__Subgroup 10;D_4__CA002;D_5__uncultured bacterium 0.0 0.001109 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Acidobacteria;D_2__Holophagae;D_3__Subgroup 10;D_4__Sva0725;D_5__uncultured bacterium 0.0 0.00882217 0.0014038202
D_0__Bacteria;D_1__Acidobacteria;D_2__Holophagae;D_3__Subgroup 7;D_4__uncultured bacterium;D_5__ 0.0 0.0 0.00898876404
D_0__Bacteria;D_1__Acidobacteria;D_2__Subgroup 13;Ambiguous_taxa;D_4__;D_5__ 0.0 0.0 0.00140449438202
D_0__Bacteria;D_1__Acidobacteria;D_2__Subgroup 2;D_3__uncultured bacterium;D_4__;D_5__ 0.0 0.0 0.00280898876404
D_0__Bacteria;D_1__Acidobacteria;D_2__Subgroup 21;D_3__uncultured bacterium;D_4__;D_5__ 0.0 0.0 0.00421348314607
D_0__Bacteria;D_1__Acidobacteria;D_2__Subgroup 22;D_3__uncultured bacterium;D_4__;D_5__ 0.0 0.0 0.00421348314607
D_0__Bacteria;D_1__Acidobacteria;D_2__Subgroup 22;D_3__uncultured prokaryote;D_4__;D_5__ 0.0 0.0 0.0014038202
D_0__Bacteria;D_1__Acidobacteria;D_2__Subgroup 25;D_3__uncultured Acidobacteria bacterium;D_4__;D_5__ 0.0012041933 0.0 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Acidobacteria;D_2__Subgroup 5;D_3__uncultured bacterium;D_4__;D_5__ 0.00120401933 0.0 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Acidobacteria;D_2__Subgroup 6;D_3__uncultured Acidobacteria bacterium;D_4__;D_5__ 0.0 0.00115473441109 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Acidobacteria;D_2__Subgroup 6;D_3__uncultured bacterium;D_4__;D_5__ 0.00180614087899 0.0 0.00280898876404
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Acidimicrobiia;D_3__Acidimicrobiales;D_4__OM1 clade;D_5__uncultured actinobacterium 0.0 0.0 0.00140449438202
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Acidimicrobiia;D_3__Acidimicrobiales;D_4__OM1 clade;D_5__uncultured bacterium 0.0 0.0 0.00561797752809
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Acidimicrobiia;D_3__Acidimicrobiales;D_4__Sva0996 marine group;D_5__uncultured bacterium 0.0 0.0 0.00280898876404
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Acidimicrobiia;D_3__Acidimicrobiales;D_4__uncultured;D_5__uncultured actinobacterium 0.00301023479831 0.00115473441109 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Acidimicrobiia;D_3__Acidimicrobiales;D_4__uncultured;D_5__uncultured bacterium 0.000602059663 0.001173441109 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Corynebacteriales;D_4__Dietziaceae;D_5__Dietzia 0.0150511739916 0.0311778290993 0.00140449438202
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Corynebacteriales;D_4__Mycobacteriaceae;D_5__Mycobacterium 0.00240818865 0.002309882217 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Corynebacteriales;D_4__Nocardiaceae;D_5__Gordonia 0.0 0.0 0.00140449438202
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Corynebacteriales;D_4__Nocardiaceae;D_5__Rhodococcus 0.00240865 0.0013441109 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Corynebacteriales;D_4__Nocardiaceae;D_5__Williamsia 0.0 0.0 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Corynebacteriales;D_4__Tsukamurellaceae;D_5__Tsukamurella 0.000020463 0.0 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Corynebacteriales;D_4__nbr16a11;D_5__uncultured bacterium 0.0014093 0.001134411 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Kineosporiales;D_4__Kineosporiaceae;D_5__Quadrisphaera 0.0 0.0014734 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Micrococcales;D_4__Demequinaceae;D_5__Lysinimicrobium 0.00120409391933 0.0 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Micrococcales;D_4__Intrasporangiaceae;D_5__Ornithinimicrobium 0.0006959663 0.0 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Micrococcales;D_4__Intrasporangiaceae;D_5__Tetrasphaera 0.0 0.00441109 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Micrococcales;D_4__Micrococcaceae;D_5__Glutamicibacter 0.0 0.0031408776 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Micrococcales;D_4__Micrococcaceae;D_5__Pseudarthrobacter 0.0 0.002882217 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Micromonosporales;D_4__Micromonosporaceae;D_5__Actinoplanes 0.0 0.0011441109 0.0
D_0__Bacteria;D_1__Actinobacteria;D_2__Actinobacteria;D_3__Propionibacteriales;D_4__Propionibacteriaceae;D_5__Propionibacterium 0.3479831 0.0882217 0.00280898876404
Liste:
#list
Gordonia
Mycobacterium
Ornithinimicrobium
Marinobacter
Pseudoalteromonas
Pseudomonas
Halomonas
Alcanivorax
Acinetobacter
Shewanella
Pseudidiomarina
Microbulbifer
Bacillus
Microbacterium
Achrornobacter
Actinomyces
Alcaligenes
Druck erwartet aus (tab abgegrenzt):
#genera sample1 sample3
Gordonia 0.00301023479831 0.00140449438202
Mycobacterium 0.00240818783865 0.0
Ornithinimicrobium 0.000602046959663 0.0
Pseudomonas 0.367850692354 0.254213483146
Halomonas 0.000602046959663 0.00140449438202
Acinetobacter 0.00301023479831 0.00561797752809
Bacillus 0.0626128838049 0.00280898876404
Klebsiella 0.0138470800722 0.00280898876404
Lactobacillus 0.000602046959663 0.0
Acinetobacter 0.00301023479831 0.00561797752809
Gordonia 0.00301023479831 0.00140449438202
Rhodococcus 0.00240818783865 0.0
Williamsia 0.000602046959663 0.0
Streptomyces 0.000602046959663 0.0
Dietzia 0.0150511739916 0.00140449438202
Aquabacterium 0.000602046959663 0.0
Janthinobacterium 0.0180614087899 0.0294943820225
Massilia 0.000602046959663 0.00140449438202
Noviherbaspirillum 0.000602046959663 0.0
Rhodococcus 0.00240818783865 0.0
Staphylococcus 0.166164960867 0.0688202247191
Haemophilus 0.00120409391933 0.00280898876404
Stenotrophomonas 0.000602046959663 0.00140449438202
Candidatus Endomicrobium 0.00662251655629 0.0
Candidatus Hepatincola 0.000602046959663 0.0
Und die letzte, ich habe versucht, den Code zu vereinfachen, und in dem neuen Skript versuche ich nur einen Teil des Codes zu bearbeiten, versuchen, ein @newarray statt < INFILE_TAXONOMY> zu verwenden, um die Spalten auszuwählen, In dem neuen Array ist die Liste fast fertig, wie ich es möchte (wie die erwartete Ausgabe), sie ließ einfach die gewünschten Spalten auswählen, wie man das nächste Stück des Codes mit Array erstellt.
while (<INFILE_TAXONOMY>){
my %row;
@row{@sample_names} = split "\t";
@filter= join "\t", @row{@wanted};
push (@filter_columns, @filter);
}
neues Skript ohne die Option, eine bestimmte Spalten zu wählen !!!
use strict;
use warnings;
use List::MoreUtils qw(uniq);
use Data::Dumper qw(Dumper);
#---------------------------Subrutina de extraccion para 2 arrays de lista de bacterias y taxones!!-------------------------------------------------------------
sub match_genera {
my ($List_File, $Taxon_File) = @_;
my @taxon_qiime = @{ $Taxon_File };
my @lista_genera = @{ $List_File }; # dereferencing and copying each array
my (@match, @extract, @genera_clean);
foreach (@taxon_qiime){
my @generas_taxon = ($_ =~ m/;D_5__(\w.*)/g);
foreach (@generas_taxon){
if ($_ =~ m/^$/g) { next; }
else { push @genera_clean, $_; }
}
}
foreach (@lista_genera){
my $list_unit = $_;
chomp $list_unit;
@match = grep (/$list_unit/, @genera_clean);
push (@extract, @match);
}
return @extract;
}
#------------------------------------------------------FILES-----------------------------------------------------------------------
open INFILE_TAXONOMY, '<', "otu_table_L6_copy.txt" or die $!;
open LIST_BACTERIA, '<', "lista_degradadoras.txt" or die $!;
my (@lista_bacteria, @taxon, @sample_names);
# -------------------------------------------------------------TAXON -------------------------------------------------------------
foreach (<INFILE_TAXONOMY>){
chomp;
if ($_=~ m/^$|Constructed from biom file/g) { next; }
elsif ($_ =~ s/OTU ID/Genera/g) { push @sample_names, $_; }
else { push (@taxon, $_); }
}
# -------------------------------------------------------------LIST -------------------------------------------------------------
foreach (<LIST_BACTERIA>){
if ($_=~ m/^$|^#/g) { next; }
else { push @lista_bacteria, $_ }
}
my @filter_list = uniq (@lista_bacteria);
# -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
my @match_all = match_genera (\@filter_list, \@taxon);
unshift @match_all, @sample_names;
@wanted= qw(sample1 sample3);
foreach (@match_all){
print "$_\n";
}
close INFILE_TAXONOMY;
close LIST_BACTERIA;
exit;
Vielen Dank, funktioniert die zweite Option gut, Dank !! – abraham