Regelmäßige Perl-Expression (beginnt mit ATG und endet mit TAG, TAA oder TGA)

Question

Ich brauche einen regulären Ausdruck in Perl, der am Anfang mit ATG übereinstimmt und mit TAG, TAA oder TGA endet. Dies ist der Code, den ich bisher habe.

my $sequence = 'AATGGTTTCTCCCATCTCTCCATCGGCATAAAAATACAGAATGATCTAACGAA'; 

while($sequence =~ ____) { 
print $1; 
} 

Answer 1

Seit Sie haben mit codons hier zu tun, haben Sie wahrscheinlich vergessen, das Nucleotid zu erwähnen

my $sequence = 'AATGGTTTCTCCCATCTCTCCATCGGCATAAAAATACAGAATGATCTAACGAA'; 
       # |--------------1-------------| 
       #          |---2---| 

while($sequence =~ /ATG(?:[ACTG]{3})*?T(?:A[AG]|GA)/g) 
{ 
    print $&."\n"; 
} 

Ausgabe:: s dazwischen muss ein Vielfaches von 3.

-Code sein

ATGGTTTCTCCCATCTCTCCATCGGCATAA 
ATGATCTAA 

Beschreibung:

• ATG - Spiele "ATG" buchstäblich
• (?:[ACTG]{3})*? - ein non capturing group ist, wiederholt 0 o mehrmals, so wenig wie möglich (lazy quantifier, die zusätzlichen ?), passend zu:
  • [ACTG]{3} - 3 Zeichen/Nukleotiden (entweder „A "," C "," T "oder" G ")
• T(?:A[AG]|GA) - entspricht" TAA "," TAG "oder" TGA ". Auch als Borodincommented kann dies als (?:TAG|TAA|TGA) geschrieben werden, wenn Sie die Lesbarkeit verbessern möchten.

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Aber wenn Sie auch überlappende Sequenzen übereinstimmen müssen, sollten Sie einen lookahead verwenden, das Spiel zu verhindern, dass die Zeichen raubend.

Code:

   # modified to include overlapping sequences 
my $sequence = 'AATGGTTTCTCCCATCTCTCCATCGGCATAAAAATATGGAATGATCTAACGAA'; 
       # |--------------1-------------| 
       #         |---2---| 
       #          |---3---| 

while($sequence =~ /ATG(?=((?:[ACTG]{3})*?T(?:A[AG]|GA)))/g) 
{ 
    print $&.$1."\n"; 
} 

Ausgang:

ATGGTTTCTCCCATCTCTCCATCGGCATAA 
ATGGAATGA 
ATGATCTAA 

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Und schließlich ist dies eine mehr efficent Version des letzten Ausdrucks, diemitTechnik, die bessere Ergebnisse liefert, wenn Sie mit großen Sequenzen zu tun haben.

Code:

my $sequence = 'AATGGTTTCTCCCATCTCTCCATCGGCATAAAAATATGGAATGATCTAACGAA'; 
       # modified to include overlapping sequences 

while($sequence =~ /ATG(?=((?:[ACG][ACTG]{2})*(?:T(?:A[CT]|G[CTG]|[CT][ACTG])(?:[ACG][ACTG]{2})*)*T(?:A[AG]|GA)))/g) 
{ 
    print $&.$1."\n"; 
} 

Ausgang:

ATGGTTTCTCCCATCTCTCCATCGGCATAA 
ATGGAATGA 
ATGATCTAA 

Answer 2

Nicht sicher, ob dies ist, was Sie suchen, aber dies findet ein Spiel so ist es nicht erschöpfende

my $sequence = 'AATGGTTTCTCCCATCTCTCCATCGGCATAAAAATACAGAATGATCTAACGAA'; 

if($sequence =~ /(ATG.*?(:?TAG|TAA|TGA))/) { 
print $1; 
} 

OUTPUT

ATGGTTTCTCCCATCTCTCCATCGGCATAA 

Answer 3

Try this: 
#!/usr/bin/perl 
my $sequence ='AATGGTTTCTCCCATCTCTCCATCGGCATAAAAATACAGAATGATCTAACGAA'; 
while($sequence =~m/ATG.*?(TGA|TAG|TAA)/g) 
{ 
    print $&,"\n"; 
}