Erstellen einer Abstandsmatrix in R (ohne dist() zu verwenden)

Question

Ich muss eine Abstandsmatrix aus einer Matrix erstellen, die den Abstand zwischen den Spalten zurückgibt.

Ich weiß,, dass es eine Funktion namens dist() existiert, aber ich kann es nicht verwenden, weil ich nicht gemeinsame Distanzfunktionen verwenden werde.

Ich dachte über die Anwendung, aber ich weiß nicht, wie man es schreibt.

Die Schleife ich geschaffen habe, ist:

apply(df, 1, dist) 

zu verwenden:

dista <- function(A,distance){ 
    dist_matrix=matrix(0,dim(A)[2],dim(A)[2]) 
    for (i in 1:(dim(A)[2]-1)){ 
    for(j in (i+1):(dim(A)[2])){ 
     if(distance=='cosine') dist_matrix[j,i]<- (1-sum(A[,i]*A[,j]))/(sqrt(sum(A[,i]^2))+sqrt(sum(A[,j]^2))) 
    } 
    } 
    dist_matrix 
} 

Answer 1

Sie einige Datenrahmen wie folgt Unter der Annahme haben:

df <- data.frame(x = rnorm(10, 5, 1), y = rnorm(10)) 

Sie können wie folgt verwendet werden gelten eine Kundenabstandsfunktion, können Sie den Anruf zu dist oben mit ersetzen:

apply(df, 1, my_own_dist) 

Natürlich durchläuft diese Schleife jede Datenzeile und ist immer noch langsamer als eine matrixbasierte Berechnung. Zu wissen, was Ihre Entfernungsfunktion tatsächlich tut, könnte Ihnen helfen, einen noch effizienteren Weg zu finden, das Problem anzugehen.

EDIT auf Kommentar basiert unten ....

Wenn Sie versuchen, paarweise Abstand zwischen jedem Paar von Spalten in Ihrer ursprünglichen Matrix A zu berechnen, können Sie so etwas wie dies versuchen:

apply(combn(1:ncol(A), 2), 2, function(x) my_dist_function(A[, x])) 

Zuerst alle eindeutigen Spaltenpaare generieren und nacheinander durchlaufen