Link Rcpp mit C-Code für Adaptive Metropolis Ablehnung Stichproben

Question

Ich möchte Adaptive Metropolis Ablehnung Stichprobe (AMRS) für meine Gibbs Stichprobe verwenden. Ich könnte das Paket HI in R direkt verwenden und den Algorithmus verwenden. Da ich jedoch zu viele Parameter habe, ist die Abtastung in einer Schleife in R ziemlich langsam. Also überlege ich, den gesamten Sampling-Part in Rcpp zu schreiben. Das Problem besteht darin, wie die AMRS-Funktion in Rcpp zu verwenden ist. Eine Möglichkeit besteht darin, eine Möglichkeit zu finden, die R-Funktion in Rcpp zu verwenden, aber sie wird langsam sein. Dann fand ich den Original-C-Code in der Seite

[1]: AMRS http://www1.maths.leeds.ac.uk/~wally.gilks/adaptive.rejection/web_page/Welcome.html

So wird die Frage sein, wie der C-Code mit RCPP zu integrieren. Wenn ich um "Anruf C in C++" suche, sind diese alle über Compilieren C zuerst, dann C++, dann Link. Allerdings weiß ich nicht, wie das in Rcpp zu tun ist, da die Kompilierung stattfindet, wenn ich SourceCpp verwendete. Kann mir jemand Vorschläge geben, wie das geht?

Answer 1

Überprüfen Sie, wie HI die C code in their package implementiert.

Insbesondere sollten Sie Ihre eigene Version implementieren:

SEXP arms(SEXP bounds, SEXP myldens, SEXP yprev, SEXP size, SEXP rho); 

Die in https://github.com/cran/HI/blob/master/src/arms-R.c#L86-L172

In diesem Fall gegeben ist, sollten Sie sich für das SEXP Objekt mit den entsprechenden Rcpp Datentypen ersetzen entscheiden:

/* bounds  : boundaries of the support of the density */ 
/* myldens  : R function to evaluate log density */ 
/* yprev  : previous value from markov chain */ 
/* size  : number of sampled values to be obtained */ 
/* rho   : R environment in which the logdensity is evaluated */ 

Hinweis: Die Umset tation sollte wirklich paketbasiert statt sourceCpp()