Wie Ausgabemeldungen mit rmarkdown beim Generieren von HTML zu entfernen,

Question

Ich habe einige einfache Rmarkdown-Code, der etwas HTML generiert. Wenn ich diesen Code ausführe, erhalte ich eine Menge Ausgaben in meiner Konsole, die wie folgt aussieht:

| ......... | 14% normaler Text ohne R-Code

| ................... | 29% Label: unnamed-Chunk-1 (mit Optionen) Liste von 2 $ Ergebnisse: chr "asis" $ echo: LOGI FALSCH

| ............. ............... 43% normaler Text ohne R-Code

| ..................................... | 57% Label: unnamed-Chunk-2 (mit Optionen) Liste von 2 $ Ergebnisse: chr "asis" $ echo: LOGI FALSCH

| ............. ................................. | 71% normaler Text ohne R-Code

| ..................................... ................... | 86% Label: unnamed-Chunk-3 (mit Optionen) Liste von 2 $ Ergebnisse: chr "asis" $ echo: LOGI FALSCH

| ............. .................................................. .. | 100% Inline-R Codefragmente

Hier ist der Code, der diese Ausgabe erzeugt ..

--- 
output: 
    html_document: 
    theme: null 
    highlight: null 
    css: src/bootstrap.css 
--- 
<link href="src/style.css" rel="stylesheet"> 

<div id="page"> 

<h3 id="title-style"> Identification of Respiratory Tract Pathogens by Unbiased Sequencing </h3> 

    <p id="inline">Patient: </p> 
    <p id="inline">Date of Birth: </p> 
    <p id="inline">Gender: </p> 
    <p id="inline">Physician: </p> 
    <p id="inline">Client: </p> 
    <p id="inline">Client Address: </p> 

<div id="logo2-lp"> 
    ![logo](src/logo.png) 
</div> 

<div id="spacer"></div> 

<h3 id="header-style-vir"> Detected Pathogens </h3> 
<table id="table-style-vir"> 
<tr> 
<td> 
```{r results='asis', echo=FALSE} 
    library(xtable) 
    print(xtable(pathogens_table2[c(1:nrow(pathogens_table2)),c(4:10)]),type='html',include.rownames=FALSE) 
``` 
</td> 
</tr> 
</table> 

<h3 id="header-style-vir"> Evidence for Detection </h3> 

<div id="font-style-text"> 
<font size=1 > 
"Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat." 
</font> 
</div> 


</div> 

Ich habe versucht, Möglichkeiten zum embeded R Code hinzufügen wie Warnung = FALSE, message = FALSE, Fehler = FALSE, results = 'HIDE', echo = FALSE oder eine Kombination all dieser ohne Erfolg. Ich habe auch versucht, diesen Code bei der Abschlags-Datei aufrufen ..

suppressMessages(rmarkdown::render(“markdown_file.Rmd", output_file = “output.html”)) 

, die nicht die Ergebnisse nicht geben Sie mir ich entweder erwarte ich. Wie kann ich die Ausgabe bei der Ausführung von rmarkdown-Dateien vollständig auf der Konsole entfernen?

Answer 1

Neben Roman-Lösung render() Optionen verwenden, können Sie auch die opts_knit Einstellungen in einem Stück in der Nähe der Spitze der Datei, zB ändern:

```{r} 
opts_knit$set(progress=FALSE, verbose=FALSE) 
``` 

diese Weise wird die Fortschritte auch versteckt werden, wenn Sie sind nicht direkt render() selbst anrufen.