Ich versuche, alle Zeichen, die nicht ACTG sind, durch "" (leer) mit gsub zu ersetzen. Das scheint aus irgendeinem Grund nicht zu funktionieren. Stattdessen bekomme ich eine Nummer, die ich nicht verstehe, was sie darstellt. Hier sind einige Beispiele, wo ich versuche, verschiedene Muster durch "" zu ersetzen: gsubexamplesSo ersetzen Sie | und andere Zeichen in R?
Danke!
Willkommen bei Stack Overflow. Bitte geben Sie in Zukunft ein reproduzierbares Beispiel an, das in der Regel aus einem Beispiel Ihres Problems oder einem Beispielproblem, das Ihr größeres Problem darstellt, stammt, dessen Lösung auch für Ihr größeres Problem gelten wird.
Um nur ATGC Zeichen zu halten, eine Zeichengruppe für eine gsub() verwenden Negation in:
txt <- "Junk|A|GATC|ATTG!getmeoutofhere!|AAABBCC"
gsub("[^GATC]", "", txt)
## [1] "AGATCATTGAAACC"
Sie müssen dies auf Ihr Objekt als angemessen - es ist unmöglich zu sagen Ihnen genau, wie ohne Beispiel.
großen Werke Vielen Dank! Liefert weitere Informationen in der Zukunft. –
Können Sie den Code und Ihr Problem hier inline posten? Externe Links und Bilder sind nicht hilfreich. – Gopala
Sie können davon profitieren: 's <-" was auch immer | was auch immer "; gsub ('|', '', s); gsub ('\\', '', s) ' – Gopala
Sicher. (Sorry, ich bin neu in diesem) > DNAseql [1] [[1]] [1]> 1 | GCCTCTCTCCGGAGTGGACCTTGGTGGTGCAGTTAGGATCTTCTGGCTGGTGTTTGGATTCTAGCTCATTTCTGCAGACTTCCTCCGCCCGGGGCCCAGCGCAGTGGAGACAGGTTGCGCGTGGGCAAC | 12894 Stufen: -> 1 || > 1 ||> 2 || > 1 ||> 2 ||> 3 || > 1 ||> 2 ||> 3 ||> 4 || > 1 ||> 2 ||> 3 ||> 4 ||> 5 || ...> 1 | TTTTTTTTTGCAGC | > prüfen = gsub ("[: xdigit:]", "!", DNAseql [1]) > überprüfen [1] "6855" > –