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Ich möchte eine neue Cytoscape App erstellen für Protein-Interaktion zu analysieren, aber ich weiß nicht, ob ich Python oder nur java verwenden können.Kann ich Python für die Cytoscape App verwenden?
A
Antwort
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Große Frage. Dies ist im Rahmen dieses Forums.
Die Antwort ist "es kommt darauf an". Cytoscape-Apps selbst müssen Java sein (oder etwas, das in JVM läuft, obwohl es nur Dokumentationsunterstützung für Java gibt und die Foren den besten Rat für Java geben).
Die Cytoscape Cyberinfrastructure (CI) ermöglicht jedoch Python-basierte Dienste (z. B. den Diffusionsdienst), die von Cytoscape-Apps aufgerufen werden (z. B. die Diffusions-App). Der Dienst muss irgendwo im Web (z. B. in einem Kubernetes-Cluster) bereitgestellt werden.
Wenn Sie Hilfe bei dieser Route benötigen, finden Sie enthusiastischen Support ... Bitte senden Sie eine E-Mail an den cytoscape-app-dev im googlegroups.com-Forum.
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Sie haben eine Idee über die Entwicklung dieser App mit Java – layesim
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Ja ... es ist ein zweiteiliges Angebot. Erstellen Sie zunächst eine minimale Java-App gemäß den Schritten, die im Cytoscape App Ladder (http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_3/AppDeveloper/Cytoscape_App_Ladder) beschrieben sind. Zweitens, erstellen Sie einen aufrufbaren Webdienst (verwenden Sie cxmate ... für Python-basierte Dienste https://github.com/cxmate/cxmate-py). Lassen Sie die Java-App einen REST-Aufruf an den Dienst senden (https://stackoverflow.com/questions/3913502/restful-call-in-java). –
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danke, ich möchte verschiedene Clustering-Algorithmus zu Code-Quelle einer Cytoscape-App hinzufügen – layesim
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