Abrufen von Datentafel-Headern von GEO mit GEOquery

Question

Für eine Studie in GEO möchte ich die Datentabelle Kopfbeschreibungen erhalten, speziell die Spalte "VALUE" für alle Proben in der Studie.

Wenn Sie go here und dann scrollen Sie nach unten und klicken Sie auf eine der Proben: Wählen wir "GSM2644971". Dann scrollen Sie nach unten und Sie sollten "Datentabellenkopfbeschreibungen" sehen und darunter sollten Sie "WERT Normalisiert (vorausgesetzt die Normalisierungsmethode) Average Beta" sehen. Diese Information ist was ich will.

Ich versuchte assayData() vom Biobase Paket mit, aber ich weiß nicht, ob die Methode eine Probe nimmt, um eine Matrix von Proben, oder etwas anderes als Parameter. Anscheinend braucht es einen S4 und gibt dann einen zufälligen Text zurück, aber ich weiß nicht, wie ich diesen zufälligen Text verwenden soll.

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EDIT:

Zum Beispiel, wenn ich tun:

„Normalized (zur Verfügung gestellt:

library(Biobase) 
library(GEOquery) 

getgeo<-getGEO("GSE99511") 
assayData(getgeo$GSE99511_series_matrix.txt.gz) 

Als ich assayData() verwende ich es zurückgeben möchte die Normalisierungsmethode) Average Beta ".

Stattdessen kehrt:

<environment: 0x110674178>

Bitte lassen Sie mich wissen, wenn die Frage nicht sinnvoll oder wenn es eine andere Methode ist, die ich verwenden sollte.

Answer 1

Sie können die normalisierten Beta-Werte mit exprs Funktion, zum Beispiel erhalten:

e <- exprs(getgeo$GSE99511_series_matrix.txt.gz) 
head(e)