Knitr: opts_chunk $ set() funktioniert nicht in Rscript-Befehl

Question

Ich benutze Knitr, um eine Markdown-Datei von Rmd zu erstellen, und ich habe die folgende Option am oberen Rand meines .Rmd-Skript festgelegt, alle Ergebnisse und Diagramme zu verbergen:

Wenn ich die Knit HTML-Schaltfläche in RStudio drücken, funktioniert das - ich werde ohne die Ergebnisse und Zahlen ausgegeben. Aber wenn ich von der Kommandozeile:

Rscript -e 'knitr::knit("myfile.Rmd")' 

Es scheint, die opts_chunk$set() Linie nicht gelesen, und ich bekomme Ergebnisse und Grundstücke in meinem .md ausgegeben. Ich habe durch diese Optionen im Rscript Befehl, um das Problem gearbeitet:

Rscript -e 'library(knitr); opts_chunk$set(results="hide", fig.show="hide"); knit("myfile.Rmd")' 

Aber ich würde lieber alle Optionen aus der Datei gelesen halte ich bin mit nicht in der Befehlszeile angegeben. Wie bekomme ich die Optionen in der .RMD-Datei gelesen, wenn knit mit Rscript in der Befehlszeile?

Danke.

Answer 1

Ich glaube, Sie

library("knitr") 

zum Brocken hinzufügen müssen (Sie vielleicht für diesen Brocken message=FALSE in den Chunk Optionen festlegen).

Das Problem ist, dass, wenn Sie tun

Rscript -e 'knitr::knit("myfile.Rmd")' 

Sie tatsächlich nicht das knitr Paket angebracht, was bedeutet, es nicht im Suchpfad für Funktionen, was bedeutet, dass R die nicht finden kann, opts_chunk Objekt.

• knitr::opts_chunk verwenden, kann auch arbeiten ...
• wie Sie vorgeschlagen, so Rscript -e 'library("knitr"); knit("myfile.Rmd")' tut

Wenn Sie auf die Schaltfläche in RStudio klicken, RStudio lädt automatisch knitr in der Umgebung, in der es knit() läuft .