Grep-Extrakt nur ganzes Wort

Question

Ich habe eine große Textdatei. Ich muss alle Zeilen extrahieren, die das genaue Wort "DUSP1" enthalten. Hier ein Beispiel für die Linien:

9606 ENSP00000239223 DUSP1 BLAST 
9606 ENSP00000239223 DUSP1-001 Ensembl 

Ich möchte die erste Zeile abzurufen, aber nicht die zweite.

Ich habe versucht, mehrere Befehle wie:

grep -E "^DUSP1" 
grep '\<DUSP1\>' 
grep '^DUSP1$' 
grep -w DUSP1 

Aber keiner von ihnen scheint zu funktionieren. Welche Option sollte ich verwenden?

Answer 1

Das Problem Sie konfrontiert ist, dass ein Strich (-) wird von grep als Worttrennzeichen betrachtet.

sollten Sie diesen Befehl versuchen:

grep '\sDUSP1\s' file 

um sicherzustellen, dass um Ihr Wort Räume gibt.

Answer 2

Zugabe zu dem, was gesagt sputpick, könnte es entweder das, oder:

grep '\sDUSP1$' file 

wenn die DUSP1 das Ende der Leitung ist.

Answer 3

Wenn Sie genau das ganze Wort grep möchten, können Sie Wortgrenzen wie folgt verwenden:

grep '\bDUSP1\b' 

Das passt für die genaue Wort am Anfang und am Ende.