Eine Konsequenz ist, dass der Browser das JS nicht zwischenspeichern kann, wenn es auf der Seite ist. Wenn Sie es extern referenzieren, speichert der Browser diese Datei und lädt sie nicht jedes Mal neu, wenn Sie auf eine Seite klicken. Wenn es eingebettet ist, wird es einfach zur Dateigröße jeder Seite hinzugefügt.
Auch Wartbarkeit ist etwas zu beachten. Wenn es JS ist, wird es ein bisschen mühsam sein, eine Änderung vorzunehmen, wenn Sie die X-Anzahl der Skriptblöcke der HTML-Dateien anstelle einer JS-Datei aktualisieren müssen.
Persönlich habe ich noch nie ein Problem mit externen Dateien vs eingebettet. Die einzige Zeit, in der ich JS im HTML selbst habe, ist, wenn ich etwas zum Laden von Dokumenten speziell für diese Seite binden muss.