2017-02-17 6 views
0

Gibt es eine Möglichkeit, mehrere (bis zu zehn) Muster in einer einzigen Fasta-Datei mit sed zu ändern? Zum Beispiel möchte ich X für Y ändern:Sed zum Bearbeiten mehrerer Muster

sed "s/X/Y/g" <file1.fasta> output.fasta 

, wie man hinzufügen sed "s/\s/_/g" und 8 weitere Befehle an den gleichen Einzeiler?

+0

Fails nicht Zeilen umschlingen, so würde dies sowieso falsch sein; und was erwarten Sie hier von bash, awk und python? –

+0

Ersetzen Sie jedes einzelne Zeichen jedes Mal? – anubhava

+0

Normalerweise ändere ich die Erweiterung .fasta in .txt und manipuliere sie dann mit bash – Bio21

Antwort

3

können Sie trennen die Befehle, die von Semikolons

sed 's/a/b/;s/c/d/' 

oder Sie können mehrere -e s verwenden (auch Zeilenumbrüche statt Semikolons verwenden):

sed -e 's/a/b/' -e 's/c/d/' 
3

finden Sie in diesem Beispiel : (Test mit gnu sed):

kent$ echo 'abcd'|sed 's/a/1/;s/b/2/;s/c/3/;s/d/4/' 
1234 

kent$ echo 'abcd'|sed 'y/abcd/1234/'    
1234 
Verwandte Themen