Gibt es eine Möglichkeit, mehrere (bis zu zehn) Muster in einer einzigen Fasta-Datei mit sed zu ändern? Zum Beispiel möchte ich X für Y ändern:Sed zum Bearbeiten mehrerer Muster
sed "s/X/Y/g" <file1.fasta> output.fasta
, wie man hinzufügen sed "s/\s/_/g"
und 8 weitere Befehle an den gleichen Einzeiler?
Fails nicht Zeilen umschlingen, so würde dies sowieso falsch sein; und was erwarten Sie hier von bash, awk und python? –
Ersetzen Sie jedes einzelne Zeichen jedes Mal? – anubhava
Normalerweise ändere ich die Erweiterung .fasta in .txt und manipuliere sie dann mit bash – Bio21