Probleme mit Valgrind beim Ausführen von Petsc

Question

Ich erhalte die folgenden Fehler von Valgrind.

==30996== Conditional jump or move depends on uninitialised value(s) 
==30996== at 0x12B28904: ??? (in /usr/lib64/libmlx4-rdmav2.so) 
==30996== by 0xE12CF9A: ibv_open_device (in /usr/lib64/libibverbs.so.1.0.0) 
==30996== by 0xAAFA03B: btl_openib_component_init (in /sw/arcts/centos7/openmpi/1.10.2-gcc-4.8.5/lib/libmpi.so.12.0.2) 
==30996== by 0xAAF0832: mca_btl_base_select (in /sw/arcts/centos7/openmpi/1.10.2-gcc-4.8.5/lib/libmpi.so.12.0.2) 
==30996== by 0xAAF0160: mca_bml_r2_component_init (in /sw/arcts/centos7/openmpi/1.10.2-gcc-4.8.5/lib/libmpi.so.12.0.2) 
==30996== by 0xAAEE95D: mca_bml_base_init (in /sw/arcts/centos7/openmpi/1.10.2-gcc-4.8.5/lib/libmpi.so.12.0.2) 
==30996== by 0xABE96D9: mca_pml_ob1_component_init (in /sw/arcts/centos7/openmpi/1.10.2-gcc-4.8.5/lib/libmpi.so.12.0.2) 
==30996== by 0xABE75A8: mca_pml_base_select (in /sw/arcts/centos7/openmpi/1.10.2-gcc-4.8.5/lib/libmpi.so.12.0.2) 
==30996== by 0xAA98BD3: ompi_mpi_init (in /sw/arcts/centos7/openmpi/1.10.2-gcc-4.8.5/lib/libmpi.so.12.0.2) 
==30996== by 0xAAB87EC: PMPI_Init_thread (in /sw/arcts/centos7/openmpi/1.10.2-gcc-4.8.5/lib/libmpi.so.12.0.2) 
==30996== by 0x5D4664: PetscInitialize.part.3 (in /scratch/kfid_flux/ykmizu/ROMLSS/bin/ks_main.x) 
==30996== by 0x49B5B4: main (in /scratch/kfid_flux/ykmizu/ROMLSS/bin/ks_main.x) 
==30996== 

und dieser Fehler wiederholt sich immer und immer wieder. Ich verstehe nicht, warum PetscInitialize mir eine harte Zeit geben würde. Es ist eines der ersten Dinge, die ich in meiner main.c Datei aufrufen, nachdem ich ints und Doppel initialisieren und etc.

PetscInitialize(&argc, &argv, NULL, NULL); 
SlepcInitialize(&argc, &argv, NULL, NULL); 
PetscViewerPushFormat(PETSC_VIEWER_STDOUT_SELF, PETSC_VIEWER_ASCII_MATLAB); 

Sind diese nur falsche Fehlermeldung? Jede Hilfe würde sehr geschätzt werden. Ein bisschen verzweifelt darüber. Vielen Dank.

Answer 1

Es gibt Diskussionen here.

Es scheint, dass Sie Open MPI verwenden, die unter valgrind laut ist. Sie können versuchen, zwei PETSc-Versionen zu kompilieren (also zwei verschiedene PETS_ARCHs): Eine verwendet die optimierte MPI in Ihrem System und eine andere wird mit MPICH mit der Konfigurationsoption --download-mpich erstellt.

Zum Debuggen können Sie den mit mpich kompilierten PETSC_ARCH auswählen. Zur Leistungsbewertung können Sie einen anderen PETSC_ARCH auswählen, der mit optimierten MPI Ihrer Plattform kompiliert wurde.

Wenn Sie sowohl PETSc als auch SLEPc verwenden möchten, können Sie PetscInitialize oder SlepcInitialize für den Start ihrer Umgebung auswählen. Es macht keinen Sinn, zweimal zu wiederholen.

Ich hoffe, es ist hilfreich für Sie.