Sie können. Wenn das nicht möglich wäre, würden beide Absätze in diesem Beispiel entweder schwarz oder beide wären blau, und mein Test zeigt, dass der erste blau und der zweite schwarz ist, was ich erwarten würde.
<!DOCTYPE HTML>
<html lang=en>
<meta charset=utf-8>
<title>Test</title>
<h1>Testing</h1>
<p id="something">testing</p>
<p id="else" style="display: none">testing</p>
<script src="http://code.jquery.com/jquery-1.4.4.min.js"></script>
<script>
$('#something:not(p:hidden)').css('color', 'blue');
$('#else:not(p:hidden)').css('color', 'blue');
$('#else').css('display', 'block');
</script>