Überprüfen Sie, ob R-Pakete im Andock-Container installiert sind

Question

Gibt es Best Practices für die Überprüfung, ob R-Pakete in einem Andock-Container installiert sind? Ich möchte meinen Container so einrichten, dass er auf einem CI-Dienst ausgeführt wird, und überprüfen, ob mein Paket installiert ist. Da ich es jedoch lokal erstellt habe, scheinen die Protokolle sehr schwer zu ermitteln, welche Pakete installiert wurden und welche nicht. Es wäre schön, wenn ein CI-Dienst dies für mich erledigt oder ein einfaches Batch-Skript verwendet, um zu überprüfen, ob die Pakete installiert sind.

Im Folgenden finden Sie meine aktuellen dockerfile:

FROM rocker/tidyverse:latest 
RUN mkdir -p $HOME/.R 
COPY R/Makevars /root/.R/Makevars 

RUN apt-get update -qq \ 
    && apt-get -y --no-install-recommends install \ 
    liblzma-dev \ 
    libbz2-dev \ 
    ed \ 
    clang \ 
    ccache \ 
    default-jdk \ 
    default-jre \ 
    && R CMD javareconf \ 
    && install2.r --error \ 
     ggstance ggrepel \ 
     rstan shinystan rstanarm \ 
     ###My pkgs 
     tidytext janitor corrr officer devtools pacman 
     tidyquant timetk tibbletime sweep broom prophet \ 
     forecast prophet lime sparklyr rsparkling \ 
     formattable httr rvest xml2 jsonlite \ 
     textclean ggthemes naniar \ 
    && Rscript -e 'devtools::install_github(c("hadley/multidplyr","jeremystan/tidyjson","ropenscilabs/skimr"))' \ 
    && rm -rf /tmp/downloaded_packages/ /tmp/*.rds \ 
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/* 

Answer 1

dies wie package_check.R etwas speichern und dann eine Docker Linie haben, die es über Rscript läuft:

c("tidytext", "janitor", "corrr", "officer", "devtools", "pacman", "tidyquant", 
    "timetk", "tibbletime", "sweep", "broom", "prophet", "forecast", "prophet", 
    "lime", "sparklyr", "rsparkling", "formattable", "httr", "rvest", "xml2", 
    "jsonlite", "textclean", "ggthemes", "naniar") -> chk_pkgs 

suppressPackageStartupMessages(
    sapply(chk_pkgs, require, character.only=TRUE, quietly=FALSE, warn.conflicts=FALSE) 
) -> ret 

missing_pkgs <- sort(names(which(ret == FALSE))) 

if (length(missing_pkgs) > 0) { 
    warning("The following packages are not installed: %s", 
      paste0(sprintf(" - %s", missing_pkgs), collapse="\n")) 
} 

quit(save=FALSE, status=length(names) == 0, runLast = FALSE) 

, die Ihnen ein fehlendes Paket Fehler mit der fehlenden Liste und beenden Sie das Skript mit einem Exit-Status ungleich Null.