Kann mir bitte jemand sagen, wie ich einen Datensatz lesen kann, der .mhd/ .raw-Dateien in Python enthält?Reading * .mhd/*. Raw-Format in Python
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A
Antwort
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Der einfachste Weg zu verwenden SimpleITK zu verwenden (MedPy ITK verwendet für .mhd/.raw Dateien auch). Befehl
pip install SimpleITK
funktioniert für viele Python-Versionen. Zum Lesen .mhd/.raw Sie diesen Code from kaggle
import SimpleITK as sitk
import numpy as np
'''
This funciton reads a '.mhd' file using SimpleITK and return the image array, origin and spacing of the image.
'''
def load_itk(filename):
# Reads the image using SimpleITK
itkimage = sitk.ReadImage(filename)
# Convert the image to a numpy array first and then shuffle the dimensions to get axis in the order z,y,x
ct_scan = sitk.GetArrayFromImage(itkimage)
# Read the origin of the ct_scan, will be used to convert the coordinates from world to voxel and vice versa.
origin = np.array(list(reversed(itkimage.GetOrigin())))
# Read the spacing along each dimension
spacing = np.array(list(reversed(itkimage.GetSpacing())))
return ct_scan, origin, spacing
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können Sie versuchen, MedPy oder dies mhd_utils script
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Mit skimage kann können noch einfacher, nachdem Sie SimpleITK
import skimage.io as io
img = io.imread('file.mhd', plugin='simpleitk')
installiert Dies wird Ihnen ein numpy Array mit z, y, x sortieren.
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BTW, [dies] (http://stackoverflow.com/questions/37989196/how-do-i-open-mhd-file-corre-ding-to-a-raw-file-in-blender-3d-tool) Frage ist gleich. Kann jemand sie zusammenführen? – savfod