2016-03-25 27 views
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Ich versuche, Netlogo kopflos mit Linux zu starten, um einen Job an einen Cluster zu senden. Ich habe noch nie Linux benutzt, aber ich versuche die Anweisungen hier zu befolgen (http://netlogo-users.18673.x6.nabble.com/Running-NetLogo-Headless-in-Behaviorspace-Sample-code-td4862232.html).NetLogo netlogo-headless.sh Dateiposition

#!/bin/bash 
#SBATCH -N 1 
#SBATCH -n 1 
#SBATCH -c 7 
module load netlogo/5.3.1-64 
~/netlogo-5.3.1-64/netlogo-headless.sh \ 
-- model /cluster/home/rfuda01/UM_model.nlogo \ 
--experiment UM 
--table /cluster/home/rfuda01/UM_test.csv 

Als ich den Job übergeben, enthält die Ausgabedatei eine Fehlermeldung sagend:

line 7: /cluster/home/rfuda01/netlogo-5.3.1-64/netlogo-headless.sh: No such file or directory 

Ich sehe, dass diese Datei nicht in dem Ordner I angegeben, befindet sich aber jedes Beispiel, das ich habe Bei der Verwendung von NetLogo auf einem Cluster wurde auf dieses Skript verwiesen. Wo finde ich den richtigen Pfad zu dieser Datei?

Antwort

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netlogo-headless.sh wurde versehentlich aus dem Linux entfernt installiert in 5.3.0: https://github.com/NetLogo/NetLogo/issues/979

Vorerst Sie 5.2.1 verwenden können.

Eigentlich können Sie wahrscheinlich einfach die netlogo-headless.sh von einem 5.2.1 herunterladen und es in 5.3.1 ohne Probleme, aber ich habe dies nicht getestet.

Edit: Die alte netlogo-headless.sh sollte funktionieren, wenn Sie es in das Verzeichnis app/, unter dem Haupt NetLogo-Verzeichnis. Danke Nicolas!

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Ja, die Verwendung eines alten 'netlogo-headless.sh' funktioniert, aber Sie müssen es aus dem Verzeichnis' app/'im Hauptverzeichnis von NetLogo ausführen. –

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Ich habe das kopflose Skript gefunden, aber jetzt bekomme ich einen neuen Fehler: 'Ausnahme im Thread" main "java.lang.NoClassDefFoundError: org/nlogo/headless/main' Ich habe hier eine neue Frage erstellt (http: // stackoverflow .com/questions/36266666/java-error-when-trying-to-run-netlogo-kopflos-auf-einem-cluster) – bfuda