Gibt es eine schnellere Möglichkeit, Floats aus einem 32-Bit-TIFF als LibTIFF zu extrahieren?

Question

Ich verwende diese zur Zeit schwimmt zu extrahieren:

TIFF* tiff = TIFFOpen(tiffs[i].c_str(), "r"); 
if (tiff) { 
    uint32 width, height; 
    tsize_t scanlength; 
    if (TIFFGetField(tiff,TIFFTAG_IMAGEWIDTH, &width) != 1) {} 
    if (TIFFGetField(tiff,TIFFTAG_IMAGELENGTH, &height) != 1) {} 
    fwidth = width; 
    fheight = height; 
    vector<float> data; 
    scanlength = TIFFScanlineSize(tiff); 
    float image[height][width]; 
    for (uint32 y = 0; y < height; y++) { 
     TIFFReadScanline(tiff,image[y],y); 
    } 
} 

Dies wird über 0,02 Sekunden pro TIFF zu nehmen und ich brauche es viel schneller zu sein. Ich weiß, dass andere Bibliotheken irgendwie damit umgehen können, aber ich habe nur eine andere gefunden, die 32-Bit-Tiffs verarbeiten kann, und es war CImg, die Weg länger dauerte. Auch wenn das so einfach ist wie system() zu verwenden, um eine comand line Sache zu machen oder ein wirklich schnelles Skript zu nennen, würde ich lieben zu wissen, ob es einen schnelleren Weg gibt.

Vielen Dank!

https://www.dropbox.com/s/5zb8spaz7cma1gx/pic.tif?dl=0

Dies ist ein Beispiel tif.

Answer 1

Mmmm, nicht so vollständig eine Antwort, wie ich es mir vorstellen konnte, aber ich habe ein paar Gedanken zu teilen. Vielleicht werden sie ein paar weitere Gedanken von mir oder anderen Leuten auslösen ...

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Erstens Ihre Bilder TIFF-Tag 262 („Photometric Interpretation“), die Sie stören mehrere Werkzeuge fehlen könnten sonst verwenden. Welches Programm hat die Bilder generiert - weil sie nicht streng konform sind? Können Sie das Programm, mit dem die Bilder erstellt wurden, korrigieren/verbessern?

ich die "Photometric Interpretation" Tag "min-is-black" mit gesetzt verwaltet:

tiffset -s 262 0 YourImage.tif 

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Sobald das gesetzt ist, habe ich es geschafft vips zu verwenden (von here) - das ist extrem schnell und Speicher-effizient, um Ihre Datei in JPEG zu konvertieren. Es hat Ruby und Python Bindungen, wenn Sie diese Sprachen bevorzugen.

Also, die Befehlszeile im Terminal Ihre Datei zu JPEG konvertieren ist:

vips im_vips2jpeg YourFile.tif result.jpg 

ich davon überzeugt bin, nicht, dass, obwohl richtig funktioniert, vielleicht John @ user894763 (der Autor von vips) einen Blick darauf werfen würde .

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Ein anderer Gedanke, vips ist, dass Sie der folgende Befehl eine rohe RGB-Datei von 3 Schwimmern pro Pixel sparen, die Sie direkt in Ihr eigenes Programm ohne Dekodierung überhaupt lesen können:

vips rawsave YourFile.tif image.raw 

-rw-r--r-- 1 mark staff 3145728 20 Jun 16:59 image.raw 

Sie werden bemerken, dass die Dateigröße (3145728) entspricht:

512 pixels * 512 pixels * 3 RGB values * 4 bytes of float each 

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Ich habe auch ImageMagick Ihr Bild zu JPEG konvertieren, mit

convert YourImage.tif result.jpg 

und bekam dieses Ergebnis:

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Ein weiterer Gedanke, der mir einfiel war, dass man konnte Bevor Sie Ihr eigenes TIFF-Extraktionsprogramm ausführen, sollten Sie den Puffercache vorwärmen, indem Sie cat für jede Ihrer Dateien ausführen, damit sie vom NFS-Server abgerufen werden:

cat *.tif > /dev/null 

oder führen Sie möglicherweise parallele Streams aus, um die Latenz zu reduzieren.

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Ein weiterer Gedanke war, dass Sie die Dateien in einem RAM-backed-Dateisystem-Prefetch könnten, so dass Sie Ihre Dateien mit minimaler Latenzzeit gelesen werden. Bei 186KB pro Datei, könnten Sie 5000 in einem 1 GB RAM-Disk für eine viel schnellere Verarbeitung erhalten:

mkdir /tmp/RAM 
sudo mount -t temps -o size=1G temps /tmp/RAM 

Sie auch Zwischendateien setzen könnte, die ich vorschlagen, in meine Gedanken oben in das RAM-Dateisystem.