2016-05-19 2 views
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Ich bin ein R numpty also bitte helfen Sie. Ich habe eine CSV-Tabelle (Combined1) mit 13 Spalten (0,5 Millionen Zeilen). Ich habe eine leere Spalte am Ende 'Wildtype_TYPE', die ich mit Werten aus dem Col 'TYPE.x' nur dann füllen soll, wenn die Werte aus dem Col 'TYPE.x' mit denen aus dem Col 'TYPE.y' übereinstimmen. Ich habe das schon probiert:In R; addiere Werte zur vorhandenen Spalte, die auf Werten von 2 Spalten basiert, die sonst gleich sind

Combined1[, "Wildtype_TYPE" := "TYPE.x"["TYPE.x" == "TYPE.y"] 

und mutieren und ifelse, aber ich kann es nicht zur Arbeit bringen. Ich bekomme Ausdruck mit der Zeilennummer und FALSE usw. Jede Hilfe sehr geschätzt. Vielen Dank.

Ich möchte es so Ende:

TYPE.x TYPE.y Wildtype_TYPE 
    A   C 
    G   G   G 
    C   C   C 
    T   G 
    USE CHROM.x POS.x REF.x TYPE.x QUAL.x CHROM.y POS.y REF.y TYPE.y QUAL.y Wildtype_TYPE 
1 gi|339957448|gb|AENI01001139.1|14433 gi|339957448|gb|AENI01001139.1| 14433 G G 41.77 gi|339957448|gb|AENI01001139.1| 14433 G NA 41.77  
2 gi|339957448|gb|AENI01001139.1|14471 gi|339957448|gb|AENI01001139.1| 14471 T C 195.77 gi|339957448|gb|AENI01001139.1| 14471 T C 183.77 
3 gi|339957448|gb|AENI01001139.1|14474 gi|339957448|gb|AENI01001139.1| 14474 C T 1226.77 gi|339957448|gb|AENI01001139.1| 14474 C T 899.84 
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Ich möchte col Wildtype_TYPE mit zu füllenden Werte von TYPE.x, wenn TYPE.x-Werte mit TYPE.y-Werten übereinstimmen und wenn nicht, dann leer. Wie unten: – Cathyt10

Antwort

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Ein reproduzierbares exemple wäre besser, aber man sollte etwas zusammen versuchen:

Combined1[ Combined1$TYPE.x == Combined1$TYPE.y,'Wildtype_TYPE'] <- Combined1[ Combined1$TYPE.x == Combined1$TYPE.y, 'TYPE.x'] 
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Vielen Dank. Sieht so aus, als sollte es funktionieren, aber ich bekomme diesen Fehler 'fehlende Werte sind in subskribierten Zuordnungen von Datenrahmen nicht erlaubt', vermutlich weil ich NAs in der Spalte habe. Ich werde die NAs entfernen und es erneut versuchen. – Cathyt10

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Ich habe jetzt die NAs entfernt, so erhalten Sie keine Fehlermeldung und das Skript funktioniert. Anstatt jedoch die Werte aus der TYPE.x-Spalte zu erhalten, z. B. A, G, C in der Spalte Wildtype_TYPE, erhalte ich Zahlen. Ich werde jede weitere Hilfe gewürdigt. – Cathyt10

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Hallo Matthieu P. Danke für die Antwort, es hat am Ende funktioniert. – Cathyt10

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