geom_point und geom_errorbar mit mehreren Datenrahmen mit ggplot2

Question

Ich möchte zwei wöchentliche gemittelte Zeitreihen (von zwei verschiedenen Datenrahmen, die verschiedene Instrumente darstellen) mit ggplot2 plotten. Das sollte einfach sein, aber ich muss etwas verpassen. Ich habe in den folgenden Beiträge angesehen:

using-both-geom-point-and-geom-line-for-multiple-x-in-ggplot2 object-not-found-error-with-ggplot2-when-adding-shape-aesthetic

und gute alte cookbook for r aber ich weiterlaufen in Fehler nach Fehler. Der Datenrahmen Ich verwende kommt aus einer Zusammenfassung ddply verwenden, und sie sind hier für die Reproduzierbarkeit:

mean_TS_Cond_use<- 
structure(list(week_DOY = c(207, 207, 230, 230, 237, 237, 237, 
239, 239, 239, 246, 246, 246, 253, 253, 253, 260, 267, 267, 281, 
281, 281, 288, 288, 288, 295, 295, 316, 316, 323, 323, 330, 330, 
330, 337, 337), Leaf.age.ordered = structure(c(1L, 4L, 1L, 3L, 
1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 3L, 2L, 3L, 1L, 
2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 2L, 3L, 2L, 3L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 2L, 3L 
), .Label = c("young", "mature", "old", "old1"), class = "factor"), 
    week_N_Cond = c(7L, 2L, 7L, 2L, 4L, 6L, 3L, 6L, 2L, 10L, 
    3L, 6L, 7L, 2L, 5L, 4L, 1L, 3L, 1L, 3L, 3L, 6L, 4L, 11L, 
    2L, 5L, 4L, 4L, 6L, 2L, 3L, 6L, 20L, 7L, 6L, 2L), week_mean_Cond = c(46.675, 
    28, 38.125, 59.1, 23.5333333333333, 101.5, 58.1333333333333, 
    16.8, 35.5, 62.4, 31.4, 144, 49.3, 49.7, 55.6333333333333, 
    57.65, 7.3, 4.74, NaN, 69.4, 112.3, 80.35, 47.85, 21.6416666666667, 
    6.41, 70.3333333333333, 59.1, 41.6, 24.9666666666667, 64.3, 
    NaN, 39.1, 95.8909090909091, 44.7333333333333, 20.9733333333333, 
    40), week_sd_Cond = c(17.6941374471885, NA, 24.1760728820874, 
    17.1119841047145, 18.1934970067146, 86.4448379025607, 43.4743985965687, 
    NA, NA, NA, NA, 1.4142135623731, 9.61665222413704, NA, 30.8034630087809, 
    28.0721392131059, NA, 1.40007142674936, NA, 31.5912962697006, 
    23.0774781984514, 20.545478010177, 5.30330085889911, 13.7910353732657, 
    NA, 9.97513575513302, 1.69705627484771, 5.23259018078045, 
    6.02522475376092, NA, NA, 9.33380951166242, 59.2789584008602, 
    7.7693843599949, 20.8945957925329, 33.799704140717)), .Names = c("week_DOY", 
"Leaf.age.ordered", "week_N_Cond", "week_mean_Cond", "week_sd_Cond" 
), row.names = c(NA, -36L), class = "data.frame") 

mean_TS_Gs_use<-structure(list(week_DOY = c(232, 232, 239, 239, 246, 246, 246, 
267, 267, 267, 281, 316, 316, 316, 323, 323, 330, 330, 330, 337, 
337), Leaf.age.ordered = structure(c(2L, 3L, 1L, 3L, 1L, 2L, 
3L, 1L, 2L, 3L, 3L, 1L, 2L, 3L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 2L, 3L), .Label = c("young", 
"mature", "old"), class = "factor"), week_N_GS = c(56L, 49L, 
30L, 30L, 55L, 21L, 54L, 7L, 21L, 19L, 6L, 3L, 8L, 4L, 30L, 15L, 
36L, 99L, 70L, 52L, 23L), week_mean_GS = c(73.2017857142857, 
170.422448979592, 88.1133333333333, 66.4866666666667, 125.794545454545, 
103.247619047619, 70.0981481481481, 154.414285714286, 258.757142857143, 
114.073684210526, 254.15, 167.5, 175.8125, 136.25, 87.9866666666667, 
46.46, 112.455555555556, 111.778787878788, 88.4242857142857, 
169.346153846154, 160.895652173913), week_sd_GS = c(27.4044421818562, 
112.736252423718, 30.7610561377961, 26.4143473727146, 98.1052296302704, 
59.4644819959581, 43.7727299045695, 77.6537062556456, 84.1063943551771, 
67.674177268777, 79.52214157076, 47.4155037935906, 45.4656365527071, 
9.46449505608548, 58.2085118395473, 17.0402800111132, 33.7885563420893, 
97.9779549056591, 76.6287028293478, 130.657736481864, 93.5849467220259 
)), .Names = c("week_DOY", "Leaf.age.ordered", "week_N_GS", "week_mean_GS", 
"week_sd_GS"), row.names = c(NA, -21L), class = "data.frame") 

Alles ist groovy für geom_point und geom_errorbar mit dem ersten Datenrahmen:

mGts<-ggplot(data=mean_TS_Cond_use, aes(x = week_DOY, y = week_mean_Cond, color=Leaf.age.ordered, ymax = week_mean_Cond + week_sd_Cond, ymin=week_mean_Cond - week_sd_Cond))+ 
    geom_point(size=4) + 
    geom_errorbar() 
mGts 

ich das Hinzufügen versuchte, die neuen Zeitreihe aus der neuen Datenrahmen wie folgt aus:

mGts_situ<-mGts + 
    geom_point(aes(x = week_DOY, y = week_mean_GS, color=Leaf.age.ordered), data=mean_TS_Gs_use, size=4, shape=18) + 
    geom_errorbar(aes(ymax = week_mean_GS + week_sd_GS, ymin=week_mean_GS - week_sd_GS), data=mean_TS_Gs_use) 
mGts_situ 

Aber ich erhalte eine Fehlermeldung, dass ‚Objekt‚week_mean_Cond‘nicht gefunden.‘ Da ggplot nach einem Objekt aus dem ersten Datenrahmen suchte, versuchte ich, die geerbten aes loszuwerden und die Definition von 'data =' vor dem aes-Aufruf zu verschieben. (Ich habe auch die Fehlerbargrenzen außerhalb des ggplot-Aufrufs und anderer geringfügiger Änderungen definiert). Hier ist der neue Versuch:

Gs_upper<-mean_TS_Gs_use$week_mean_GS + mean_TS_Gs_use$week_sd_GS 
Gs_lower<-mean_TS_Gs_use$week_mean_GS - mean_TS_Gs_use$week_sd_GS 

mGts_situ<-mGts + 
    geom_point(data=mean_TS_Gs_use, inherit.aes = FALSE, aes(x = week_DOY, y = week_mean_GS, color=Leaf.age.ordered, ymax = Gs_upper, ymin = Gs_lower), size=4, shape=18) + 
    geom_errorbar()+ 
    scale_x_continuous("DOY", limits = c(200, 350)) + 
    scale_y_continuous("Weekly Mean", limits = c(0, 345))+ 
    theme_bw() 
mGts_situ 

, die keinen Fehler über alle Objekte nicht geben, aber es zeigt immer noch nicht die Fehlerbalken für den neuen Datensatz (‚mean_TS_Gs_use‘). Sie können sehen, dass die erste aufgetragen Datenrahmen (Kreise), um die Fehlerbalken hat, aber die zweite aufgetragen Datenrahmen (Dreiecke) nicht:

Answer 1

Sie können den Kuchen nicht essen und ihn auch mit inherit.aes, entweder Sie alles erben oder spezifizieren Sie alles.

In Ihrem Fall Ihre neue Daten einen anderen Spaltennamen für die ymin und ymax, so dass wir in der Tat inherit.aes = F in der neuen geom_errorbar Schicht einstellen müssen, aber wir werden dann alle Ästhetik angeben müssen.

Wir können uns ein wenig Mühe sparen, wenn die ymin und ymax in der ursprünglichen Handlung werden nur auf geom_errorbar Pegel gesetzt, nicht die oberste Ebene:

mGts <- 
    ggplot(
     data = mean_TS_Cond_use, 
     aes(
      x = week_DOY, 
      y = week_mean_Cond, 
      color = Leaf.age.ordered 
     ) 
    ) + 
    geom_point(size = 4) + 
    geom_errorbar(
     # move these down here 
     aes(ymax = week_mean_Cond + week_sd_Cond, 
      ymin = week_mean_Cond - week_sd_Cond) 
    ) 

Mit dieser Änderung wird die neue geom_point Schicht fein

mGts_situ <- mGts + 
    geom_point(
     mapping = aes(
      x = week_DOY, 
      y = week_mean_GS, 
      color = Leaf.age.ordered 
     ), 
     data = mean_TS_Gs_use, 
     size = 4, 
     shape = 18 
    ) + 
    geom_errorbar(
     mapping = aes(
      ymax = week_mean_GS + week_sd_GS, 
      ymin = week_mean_GS - week_sd_GS, 
      x = week_DOY, 
      color = Leaf.age.ordered 
     ), 
     data = mean_TS_Gs_use, 
     inherit.aes = FALSE 
    ) 
mGts_situ 

Answer 2

ich denke, das Grundstück einfacher zu erstellen, wenn wir die beiden Datenrahmen kombinieren:, aber wir werden für die geom_errorbarinherit.aes = F und neu angeben, Ästhetik gesetzt s:

library(dplyr) 
library(ggplot2) 

Benennen Sie die Spalten um, damit wir gemeinsame Namen in den beiden Datenrahmen haben. Fügen Sie eine neue Spalte hinzu, um zu unterscheiden, aus welchem ​​Datenrahmen die Quelldaten stammen.Dann kombinieren Sie die beiden Datenrahmen:

mean_TS_Cond_use = mean_TS_Cond_use %>% 
    rename(week_mean=week_mean_Cond, week_sd=week_sd_Cond) %>% 
    mutate(Source="Cond") 

mean_TS_Gs_use = mean_TS_Gs_use %>% 
    rename(week_mean=week_mean_GS, week_sd=week_sd_GS) %>% 
    mutate(Source="Gs") 

df = bind_rows(list(mean_TS_Cond_use, mean_TS_Gs_use)) 

Reset-Auftrag für Leaf.age.ordered:

df$Leaf.age.ordered = factor(df$Leaf.age.ordered, levels=c("young","mature","old","old1")) 

week_DOY Konvertieren zu Faktor (so funktioniert richtig Ausweichen):

df$week_DOY_f = factor(df$week_DOY, levels=min(df$week_DOY):max(df$week_DOY)) 

Grundstück mit Ausweichen zu vermeiden Überlappung. Die group Ästhetik ist dort erhält das Ausweichen rechts:

pd = position_dodge(0.5) 

ggplot(df, aes(x=week_DOY_f, 
       y=week_mean, colour=Source, fill=Source, 
       ymax=week_mean + week_sd, ymin=week_mean - week_sd)) + 
    geom_errorbar(position=pd, aes(group=interaction(Leaf.age.ordered, Source)), 
       width=0.1, alpha=0.5) + 
    geom_point(position=pd, aes(group=interaction(Leaf.age.ordered, Source), 
           size=Leaf.age.ordered), 
      pch=21, color="black", stroke=0.2) + 
    theme_bw() + 
    scale_size_discrete(range=c(1,3)) + 
    guides(size=guide_legend(override.aes=list(fill="grey30"))) 

Das Grundstück ist nach wie vor sehr beschäftigt, aber hoffentlich leichter zu lesen:

Oder vielleicht beschriftet besser für das Alter funktionieren würde, Differenzierung :

ggplot(df, aes(x=week_DOY_f, 
       y=week_mean, colour=Source, 
       ymax=week_mean + week_sd, ymin=week_mean - week_sd)) + 
    geom_errorbar(position=pd, aes(group=interaction(Leaf.age.ordered, Source)), 
           width=0.1, alpha=0.5) + 
    geom_label(position=pd, aes(label=toupper(substr(Leaf.age.ordered,1,1)), 
           group=interaction(Leaf.age.ordered, Source)), 
      fontface="bold", fill="white", label.size=0, size=2.5, 
      label.padding=unit(0.05,"lines"), show.legend=FALSE) + 
    theme_bw() + 
    guides(colour=guide_legend(override.aes=list(alpha=1,lwd=1)))