Wie Sie einem Hash in Perl einen Wert zuweisen

Question

Dies ist ein Teil der Arbeit. In diesem Teil versuche ich ein Programm zu schreiben, um einen Hash zu erstellen. Die Schlüssel sind Zugriffsnummern in einer Datei, die Werte sind die gesamten Zeilen. Das Programm warnt mich jedoch. Der Code ist:

#!/usr/bin/perl 

#psuedocode: 
#open file1, store uniport accesion as key and the line as value 
#open file2, store uniport accesion as key and the line as value which lines contain "IDA" 
#compare keys in two hashes, find out matched keys 
#print out lines from file2 that match 

use strict; 
use warnings; 
use feature qw(say); 

my $infile1 = "geneIDs3_MouseToUniProtAccessions.txt"; 
my $inFH1; 
open ($inFH1, "<", $infile1) or die join (" ", "Can't open", $infile1, "for reading:", $!); 
my @array1 = <$inFH1>; 
close $inFH1; 
shift @array1; 
my %geneID1; 
for ($a = 0; $a < scalar @array1; $a++){ 
    chomp $array1[$a]; 
    $array1[$a] =~ /.*?\t(.*?)\t.*/; 
    $geneID1{$1} = $array1[$a]; 
    #say ("$1", '->', "$geneID1{$array1[$a]}"); #test if the hash has been successfully created, however it doesn't 
    #say $array1[$a];    #test if the program can recognize the elements, it does 
} 

die Datei geneIDs3_MouseToUniProtAccessions.txt enthält 1000 Zeilen, so dass die Warnungen sind zahlreich. Die ersten beiden Zeilen sind:

From To Species Gene Name 
PNMA3 Q9H0A4 Homo sapiens paraneoplastic antigen MA3 

Die Warnung gefällt das:

Use of uninitialized value within %geneID1 in string at match_for_part_III_10.pl line 24. 
Q9H0A4-> 

fand ich die Lösung: Statt while Schleife verwenden. Es funktioniert nicht nur, es ist auch eleganter. Der neue Code ist:

#!/usr/bin/perl 

#psuedocode: 
#open file1, store uniport accesion as key and the line as value 
#open file2, store uniport accesion as key and the line as value which lines contain "IDA" 
#compare keys in two hashes, find out matched keys 
#print out lines from file2 that match 

use strict; 
use warnings; 
use feature qw(say); 

my $infile1 = "geneIDs3_MouseToUniProtAccessions.txt"; 
my $inFH1; 
open ($inFH1, "<", $infile1) or die join (" ", "Can't open", $infile1, "for reading:", $!); 
my %geneID1; 

while (<$inFH1>){ 
    $_ =~ /.*?\t(.*?)\t.*/; 
    $geneID1{$1} = $_; 
    say ("$1", '->', "$geneID1{$1}"); 
} 
close $inFH1; 

Vielen Dank für Ihre unglaubliche Hilfe!

Answer 1

#!/usr/bin/perl 

use strict; 
use warnings; 
use feature qw(say); 

<>; # Skip header. 

my %geneID1; 
while (<>) { 
    chomp; 
    my @fields = split /\t/; 
    my $id = $fields[1]; 
    $geneID1{$id} = $_; 
} 

say "$_ => $geneID1{$_}" for sort keys %geneID1; 

(Pass geneIDs3_MouseToUniProtAccessions.txt als Argument.)

Answer 2

Es ist schwer zu sagen, was der Fehler ist, mit Tabs (Registerkarten sind sie?) Und Ändern von Code in der Frage.

Allerdings gibt es viele Elemente in dem Code, der

verbessert werden kann

use warnings; 
use strict; 
use feature 'say'; 

my $file = 'geneIDs3_MouseToUniProtAccessions.txt'; 
open my $fh, '<', $file or die "Can't open $file: $!"; 

my %geneID1; 

my $header = <$fh>;  
while (<$fh>) { 
    chomp; 
    $geneID1{ (split /\t/)[1] } = $_; 
} 

say "$_ => $geneID1{$_}" for sort keys %geneID1; 

Die eine "Wild Card" Ihre Daten sind; Wenn Sie sich nicht sicher sind TAB Zeichen verwenden Sie \s+ (entspricht Tabs auch), da Sie nur das zweite Feld benötigen. Nach split Standardeinstellungen können Sie dann (split)[1] tun.

Kommentare zu den ursprünglichen Code

• nur eine Datei vor der Zeit lesen, wenn es einen ganz bestimmten Grund für diese

  ist

• alles erklären, auch wenn einige spezielle Funktion ermöglicht es Ihnen nicht zu ($a)

• Declare in kleinstem Umfang möglich und in der Nähe, wo sie gebraucht wird: open my $fh, ...

• Verwenden Sie keine speziellen Variablen wie $a außer für was sie gedacht sind!

• Es gibt praktisch nie eine Notwendigkeit für eine C-style for Schleife. Wenn Sie Indizes in Iteration benötigen

  foreach my $i (0 .. $#ary) { ... } 
  

  wo $#ary ist der Index des letzten Elements des Arrays @ary