awk Last eine Datei in ein Array, Test gegen eine andere Datei

Question

Ich habe zwei Dateien:

seqs.fa:

>seq000007;size=72768; 
ACTGTGAG 
>seq000010;size=53132; 
GTAAGATC 
GAATTCTT 
>seq00045;size=40321; 
ACCCATTT 
... 

numbers.txt

72768 
53132 

meine gewünschte Ausgabe der sein würde, Zeilen aus der ersten Datei, die mit einer Nummer aus der zweiten Datei übereinstimmen:

>seq000007;size=72768; 
>seq000010;size=53132; 

ich versuchte awk zu verwenden, aber es liefert nur Linien die erste Zahl übereinstimmt, gefunden

awk -F"\n" -v RS=">" 'NR==FNR{for(i=1;i<=NF;i++) A[$i]; next} END {for (header in A) {if (match(header,$1)) {print header}}}' seqs.fa numbers.txt 

seq000007;size=72768; 
seq072768;size=1; 

Warum awk wird nur durch die „Header“ Array für die erste Zeile in numbers.txt Looping? Und wenn dies ein XY problem ist, gibt es einen besseren Weg, dieses Ziel zu erreichen?

Answer 1

In diesem speziellen Fall können Sie GNU grep wie folgt verwenden:

grep -F -f numbers.txt seqs.fa 

Die Option -f filename nutzt alle in filename für die Suche gefundenen Muster. Die Optionen -F sagt Grep, dass die Muster einfache feste Zeichenfolgen sind.

Answer 2

nach

$ awk -F'=|;' 'NR==FNR{a[$1]; next}; $3 in a' numbers.txt seqs.fa 

>seq000007;size=72768; 
>seq000010;size=53132;