R-Paket zur Installation von Github in Dockerfile hinzufügen

Question

Wie muss ich eine Installationsanweisung für ein R-Paket mit github mit meiner Dockerfile hinzufügen.

Der üblicher Befehl in R-Umgebung ist:

devtools::install_github("smach/rmiscutils") 

Aber kein Erfolg bisher. Versucht, GitHub Repo Installationsanweisungen hinzu:

RUN install2.r --error \ 
    -r 'http://cran.rstudio.com' \ 
    -r 'http://github.com/smach/rmiscutils' 

Aber ich erhalte eine Fehlermeldung:

error in download. Status was '404 Not found' 

Vielleicht mit Vanille-R Anruf aber den Befehl nicht verstehen kann. Irgendwelche Hinweise?

Answer 1

Versuchen Sie folgendes:

RUN installGithub.r smach/rmiscutils \ 
&& rm -rf /tmp/downloaded_packages/ 

Eine gute Praxis ist es, alle heruntergeladenen Pakete zu entfernen, die Bildgröße zu verringern.

hinzugefügt Hier Befehl, wenn sie von Bioconductor (falls jemand hier endet die Suche nach Hilfe) Installation

RUN install2.r -r http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc --deps TRUE \ 
    phyloseq \ 
    && rm -rf /tmp/downloaded_packages/