MPI-Kommunikationsmuster

Question

Ich habe mich gefragt, ob es eine kluge Möglichkeit gibt, dies zu tun. Lassen Sie uns sagen, ich habe drei Knoten, 0, 1, 2. Und sagen wir, jeder Knoten hat ein Array, a0, a1, a2. Wenn der Inhalt von jedem Knoten so etwas wie

a0 = {0, 1, 2, 1} 
a1 = {1, 2, 2, 0} 
a2 = {0, 0, 1, 2} 

Gibt es ein cleveres Kommunikationsmuster so ist jede Zahl zu bewegen, um es Knotens entspricht, dh

a0 = {0, 0, 0, 0} 
a1 = {1, 1, 1, 1} 
a2 = {2, 2, 2, 2} 

Der Ansatz, den ich im Sinne habe, würde bedeuten, das Sortieren und vorübergehende Puffer, aber ich fragte mich, ob es einen klügeren Weg gab?

Answer 1

Sie können in der folgenden Weise MPI_Alltoallv für diesen Einsatz:

1. Sortieren der local_data (a), indem in aufsteigender Reihenfolge Knoten jedes Elements entspricht.
2. Erstellen Sie ein send_displacements Array, sodass send_displacements[r] den Index des ersten Elements in local_data angibt, das sich auf den Knoten r bezieht.
3. Erstellen Sie ein send_counts Array, sodass send_counts[r] der Anzahl der Elemente in local_data entspricht, die dem Knoten r entsprechen. Dies kann send_counts[r] = send_displacements[r+1] - send_displacements[r] außer dem letzten Rang berechnet werden.
4. MPI_Alltoall(send_counts, 1, MPI_INT, recv_counts, 1, MPI_INT, comm)
5. Compute recv_displacements so dass recv_displacements[r] = sum(recv_counts[r'] for all r' < r).
6. Bereiten Sie einen recv_data mit sum (recv_counts) Elementen vor.
7. MPI_Alltoallv(local_data, send_counts, send_displacements, MPI_INT, recv_data, recv_counts, recv_displacements, MPI_INT, comm)