Füllen Sie bestimmte Indizes von einem 3d numpy Array

Question

ich eine Liste von Indizes gefällt:

selected_coords = [[1, 8, 30], [15, 4, 6] ,...] 

Und eine Liste von Werten wie folgt aus:

differences = [1, 5, 8, 2, ...] 

Beide haben 500 Einträge. Jetzt möchte ich ein 3d numpy Array mit diesen Werten auf dem rechten Index füllen. Was ich versuchte das zu tun folgenden:

brain_map = np.zeros(shape=(48,60,22)) 

for i, index in enumerate(selected_coords): 
    ind = list(map(int, index)) 
    brain_map[ind] = differences[i] 

Wenn ich drucke den Index und den Wert in dieser Schleife ich das richtige Format zu bekommen, aber wenn ich die Matrix nach der Schleife drucken scheint es, wie die Werte gesetzt worden dort mehrmals statt nur auf den angegebenen Indizes. Was mache ich falsch?

Answer 1

Sie sollten vermeiden, immer wenn es möglich ist, über numpy Arrays zu schleifen, sonst verlieren Sie die Leistung. Sie können advanced ("fancy") indexing verwenden, um eine Teilmenge von Elementen bei bestimmten Indizes zu indizieren. Dies wäre etwa so funktionieren:

brain_map[ind_x,ind_y,ind_z] = vals 

wo ind_x, ind_y, ind_z und vals sind alle 1D-Array-likes von gleicher Länge. Was Sie haben, ist im Wesentlichen die Transponierung des Indexfeldes:

brain_map[tuple(zip(*selected_coords))] = differences 

Der zip(*) Trick transponiert im Wesentlichen Ihre Liste von Listen, die dann als ein Tupel für die Indizierung übergeben werden können. Zum Beispiel:

>>> import numpy as np 
>>> M = np.random.rand(2,3,4) 
>>> coords = [[0,1,2],[1,2,3]] 
>>> tuple(zip(*coords)) 
((0, 1), (1, 2), (2, 3)) 
>>> M[tuple(zip(*coords))] 
array([ 0.12299864, 0.76461622]) 
>>> M[0,1,2],M[1,2,3] 
(0.12299863762892316, 0.76461622348724623)