Es ist schwer, ATM zu helfen, weil Ihre Frage ziemlich offen ist und es keinen bekannten Fehler gibt, der dies tun würde. Nur fyi: In 8.9/10/11 haben wir verschiedene Features hinzugefügt, aber keine sollte einen solchen Effekt haben. Ich vermute also, dass es etwas Spezifisches für Ihre Installation ist.
Also die schnelle Lösung: Ich würde ein Backup zurücksetzen, um schnell online zu sein. Versuchen Sie dann erneut, ein Upgrade für eine Kopie durchzuführen, um zu sehen, ob dies noch funktioniert.
Wenn Sie versuchen möchten, das Problem zu lösen, ist meine Kernfrage: Sind Sie Content-Elemente noch in der Admin-Bereich, sind sie vollständig weg?
Weil es ein großer Unterschied ist, ob sie "gelöscht" werden oder ob sie einfach nicht auf den Modul-Instanzen angezeigt werden, die sie anzeigen sollen.