Cluster-Daten in Heatmap in R ggplot

Question

Sehen Sie bitte mein Grundstück unter:

mein Code:

> head(data) 
       X0  X1  X2  X3  X4  X5  X6  X7  X8  X9 
NM_001001144 6.52334 9.75243 5.62914 6.833650 6.789850 7.421440 8.675330 12.117600 11.551500 7.676900 
NM_001001327 1.89826 3.74708 1.48213 0.590923 2.915120 4.052600 0.758997 3.653680 1.931400 2.487570 
NM_001002267 1.70346 2.72858 2.10879 1.898050 3.063480 4.435810 7.499640 5.038870 11.128700 22.016500 
NM_001003717 6.02279 7.46547 7.39593 7.344080 4.568470 3.347250 2.230450 3.598560 2.470390 4.184450 
NM_001003920 1.06842 1.11961 1.38981 1.054000 0.833823 0.866511 0.795384 0.980946 0.731532 0.949049 
NM_001003953 7.50832 7.13316 4.10741 5.327390 2.311230 1.023050 2.573220 1.883740 3.215150 2.483410 

pd <- as.data.frame(scale(t(data))) 
pd$Time <- sub("_.*", "", rownames(pd)) 
pd.m <- melt(pd) 
pd.m$variable <- as.numeric(factor(pd.m$variable, levels =  rev(as.character(unique(pd.m$variable))), ordered=F)) 
p <- ggplot(pd.m, aes(Time, variable)) 
p + geom_tile(aes(fill = value)) + scale_fill_gradient2(low=muted("blue"), high=muted("red")) + 
    scale_x_discrete(labels=c("0h", "0.25h", "0.5h","1h","2h","3h","6h","12h","24h","48h")) + 
    theme_bw(base_size=20) + theme(axis.text.x=element_text(angle=0, vjust=0.5, hjust=0, size=12), 
    axis.text.y=element_text(size=12), strip.text.y=element_text(angle=0, vjust=0.5, hjust=0.5, size=12), 
    strip.text.x=element_text(size=12)) + labs(y="Genes", x="Time (h)", fill="") 

Gibt es eine Möglichkeit, das Grundstück clustern, so dass die Handlung, die Dynamik in der anzeigt Zeitablauf. Ich möchte das Clustering verwenden, die aus kommt:

hc.cols <- hclust(dist(t(data))) 

Answer 1

Sie können dies erreichen, indem die Reihenfolge der Zeitpunkte, in einem Dendrogramm definieren, nachdem Sie hclust auf Ihre Daten angewendet haben:

data <- scale(t(data)) 
ord <- hclust(dist(data, method = "euclidean"), method = "ward.D")$order 
ord 
[1] 2 3 1 4 8 5 6 10 7 9 

Das einzige, was Sie dann tun müssen, ist die Umwandlung der Time-Spalte zu einer factor wo die Faktorstufen werden durch ord bestellt:

pd <- as.data.frame(data) 
pd$Time <- sub("_.*", "", rownames(pd)) 
pd.m <- melt(pd, id.vars = "Time", variable.name = "Gene") 

pd.m$Gene <- factor(pd.m$Gene, levels = colnames(data), labels = seq_along(colnames(data))) 
pd.m$Time <- factor(pd.m$Time, levels = rownames(data)[ord], labels = c("0h", "0.25h", "0.5h","1h","2h","3h","6h","12h","24h","48h")) 

Der Rest von ggplot automatisch erfolgt:

ggplot(pd.m, aes(Time, Gene)) + 
    geom_tile(aes(fill = value)) + 
    scale_fill_gradient2(low=muted("blue"), high=muted("red")) 

Answer 2

ich das nicht glaube, ggplot unterstützt die Box aus, aber Sie können heatmap verwenden:

heatmap(
    as.matrix(dat), Rowv=NA, 
    Colv=as.dendrogram(hclust(dist(t(as.matrix(dat))))) 
) 

Beachten Sie, dass dies nicht wie Ihres aussieht, weil ich nur die head von Ihnen verwende r Daten, nicht die ganze Sache.

Hier spezifizieren wir das Clustering manuell mit einem Dendogramm, das von Ihrem hclust mit dem Colv Argument abgeleitet ist. Sie können das Clustering auch manuell über das Argument Colv angeben, wenn das standardmäßig verwendete nicht mit dem übereinstimmt, was Sie möchten.