Split in Python und Streifen Whitespace

Question

Ich lerne Python, und arbeitet derzeit an das Lesen in einer Datei, die Zeilen aufteilen und dann bestimmte Elemente drucken. Ich habe jedoch Probleme, mich mehrere Male zu teilen. Die Datei an dem ich arbeite hat viele Linien, die diese aussehen

c0_g1_i1|m.1 gi|74665200|sp|Q9HGP0.1|PVG4_SCHPO  100.00 372  0  0  1  372  1  372  0.0  754 

Ich versuche, es zu spalten, die zuerst von Reiter und Newline „/ t/n“, und teilen dann die Elemente mit |, ich habe versucht, .split und .strip und habe nicht viel Glück. Ich dachte, vielleicht, wenn ich nur auf einer einzigen Zeile habe ich nach unten auf die Idee kommen könnte, und es dann in einer Schleife ändern, die die Datei

blast_out = ("c0_g1_i1|m.1 gi|74665200|sp|Q9HGP0.1|PVG4_SCHPO  100.00 372  0  0  1  372  1  372  0.0  754") 
fields = blast_out.strip(' \t\r\n').split() 
subFields = fields.split("|") 
print(fields) 
print(subFields) 

print (Felder)

['c0_g1_i1|m.1', 'gi|74665200|sp|Q9HGP0.1|PVG4_SCHPO', '100.00', '372', '0', '0', '1', '372', '1', '372', '0.0', '754'] 

Druck zugreifen würde (Subfelder) erzeugt einen Fehler

subFields = fields.split('|') 
AttributeError: 'list' object has no attribute 'split' 

Dies ist, was ich tat, nur um zu versuchen, die Leerzeichen abzustreifen und die Reiter, dann auf aufzuspalten | aber es scheint nichts zu tun. Schließlich meine gewünschte Ausgabe von dieser einzigen Zeichenfolge wäre

c0_g1_i1 m.1 Q9HGP0.1 100.0 

Answer 1

Sie haben jetzt eine Liste von separaten Strings. Es sieht so aus, als ob das Eingabeformat verschachtelte Listen kodiert; das äußere Format durch Leerzeichen begrenzt, die innere durch | Zeichen.

Sie können den äußeren Strang gespalten, spaltete dann jedes resultierendes Element wieder in einer Liste Verständnis:

[item.split('|') for item in blast_out.split()] 

Beachten Sie, dass die str.strip() völlig überflüssig ist, der str.split() Anruf (ohne Argument oder None als erstes Argument) entfernt bereits führende und nachfolgende Leerzeichen.

Wenn Sie eine flache Liste erwartet Sie eine weitere Schleife zum Verständnis hinzufügen würde:

[value for item in blast_out.split() for value in item.split('|')] 

Erstere besser wäre, wenn die Anzahl der Elemente in den inneren Listen variabel ist; Es ist einfacher, das erste oder letzte Element einer verschachtelten Liste zu finden, als in einer flachen Liste herauszufinden, wo jeder durch Leerzeichen begrenzte Abschnitt beginnt oder endet.

Ihre Endwerte für Ihren gegebenen Beispiel kann dann mit einer der beiden folgenden Ausdrücke extrahiert werden, je nachdem, welche Variante Sie ausgesucht:

(result[0][0], result[0][1], result[1][3], result[2][0]) 

oder

(result[0], result[1], result[5], result[7]) 

Demo:

>>> blast_out = "c0_g1_i1|m.1 gi|74665200|sp|Q9HGP0.1|PVG4_SCHPO  100.00 372  0  0  1  372  1  372  0.0  754" 
>>> [item.split('|') for item in blast_out.split()] 
[['c0_g1_i1', 'm.1'], ['gi', '74665200', 'sp', 'Q9HGP0.1', 'PVG4_SCHPO'], ['100.00'], ['372'], ['0'], ['0'], ['1'], ['372'], ['1'], ['372'], ['0.0'], ['754']] 
>>> (_[0][0], _[0][1], _[1][3], _[2][0]) 
('c0_g1_i1', 'm.1', 'Q9HGP0.1', '100.00') 
>>> [value for item in blast_out.split() for value in item.split('|')] 
['c0_g1_i1', 'm.1', 'gi', '74665200', 'sp', 'Q9HGP0.1', 'PVG4_SCHPO', '100.00', '372', '0', '0', '1', '372', '1', '372', '0.0', '754'] 
>>> (_[0], _[1], _[5], _[7]) 
('c0_g1_i1', 'm.1', 'Q9HGP0.1', '100.00')