R ggplot2: y-Achse Skalierung gibt

Question

ich folgendes Diagramm haben mit dem folgenden Code erzeugt:

require(ggplot2) 
pdf("time.pdf") 
data <- read.table("testOut.txt", sep = "\t", header = TRUE,) 

number_ticks <- function(n) {function(limits) pretty(limits, n)} 
     ggplot(data, aes(log2(n), time/n, color=alg, shape=alg))+ 
     stat_summary(fun.y=median,geom="point",size=3)+ 
     stat_summary(fun.y=median, geom="line")+    
     scale_x_continuous(limits = c(7,21))+ 
     theme_bw(base_size=18)+ 
     scale_color_discrete(name="")+ 
     scale_shape_discrete(name="")+ 
     theme(legend.position="none")+ 
     theme(axis.title.x=element_blank(),axis.title.y=element_blank()) 

dev.off() 

Sie die Daten von testOut.txt finden Sie hier:

alg n time 
c 8 0.00687304 
c 8 0.0129063 
c 8 0.00888481 
c 8 0.0077091 
c 8 0.00802988 
c 8 0.00717868 
c 8 0.00697401 
c 8 0.00641019 
c 8 0.00634793 
c 8 0.00637025 
c 16 0.0115272 
c 16 0.00914332 
c 16 0.00731745 
c 16 0.00655211 
c 16 0.00643339 
c 16 0.0121381 
c 16 0.00960201 
c 16 0.0086754 
c 16 0.00952297 
c 16 0.00855257 
c 32 0.00743192 
c 32 0.0067925 
c 32 0.00636815 
c 32 0.00643828 
c 32 0.00642462 
c 32 0.00656378 
c 32 0.00639697 
c 32 0.00638644 
c 32 0.0064479 
c 32 0.00639331 
c 64 0.0064263 
c 64 0.00651457 
c 64 0.00753789 
c 64 0.00660107 
c 64 0.00654401 
c 64 0.00638864 
c 64 0.00728003 
c 64 0.00914778 
c 64 0.0122254 
c 64 0.00774323 
c 128 0.00648506 
c 128 0.00645773 
c 128 0.0064865 
c 128 0.00651176 
c 128 0.00647432 
c 128 0.00652222 
c 128 0.00644952 
c 128 0.00653393 
c 128 0.0065028 
c 128 0.00647199 
c 256 0.00667486 
c 256 0.00660924 
c 256 0.00689106 
c 256 0.00725997 
c 256 0.00679926 
c 256 0.00660101 
c 256 0.00656251 
c 256 0.00661859 
c 256 0.00696825 
c 256 0.00671256 
c 512 0.0130569 
c 512 0.00712115 
c 512 0.00712308 
c 512 0.00786105 
c 512 0.00699915 
c 512 0.00708569 
c 512 0.00722727 
c 512 0.00730832 
c 512 0.00702228 
c 512 0.00702427 
c 1024 0.00769353 
c 1024 0.00799852 
c 1024 0.00775348 
c 1024 0.0111849 
c 1024 0.0148818 
c 1024 0.0125332 
c 1024 0.0101701 
c 1024 0.00963756 
c 1024 0.00797308 
c 1024 0.00786196 
c 2048 0.0160792 
c 2048 0.0138837 
c 2048 0.0163598 
c 2048 0.0164419 
c 2048 0.0125773 
c 2048 0.0169556 
c 2048 0.0168481 
c 2048 0.0127922 
c 2048 0.0106919 
c 2048 0.0193877 
c 4096 0.0193414 
c 4096 0.0157488 
c 4096 0.0227552 
c 4096 0.0236461 
c 4096 0.0269124 
c 4096 0.0234896 
c 4096 0.0226144 
c 4096 0.0255129 
c 4096 0.0249015 
c 4096 0.0230232 
c 8192 0.0404277 
c 8192 0.0369109 
c 8192 0.0398501 
c 8192 0.0395346 
c 8192 0.0380251 
c 8192 0.0353476 
c 8192 0.0359275 
c 8192 0.0410885 
c 8192 0.0388139 
c 8192 0.0439261 
c 16384 0.0771477 
c 16384 0.0679897 
c 16384 0.0697958 
c 16384 0.0682643 
c 16384 0.067555 
c 16384 0.0684642 
c 16384 0.0705867 
c 16384 0.0767897 
c 16384 0.0521458 
c 16384 0.0694778 
c 32768 0.14835 
c 32768 0.152035 
c 32768 0.145777 
c 32768 0.134127 
c 32768 0.150998 
c 32768 0.146009 
c 32768 0.152961 
c 32768 0.152523 
c 32768 0.139659 
c 32768 0.147933 
c 65536 0.296175 
c 65536 0.292786 
c 65536 0.302141 
c 65536 0.291874 
c 65536 0.300501 
c 65536 0.300566 
c 65536 0.296219 
c 65536 0.302094 
c 65536 0.299999 
c 65536 0.293905 
c 131072 0.6803 
c 131072 0.677881 
c 131072 0.661812 
c 131072 0.658814 
c 131072 0.657554 
c 131072 0.68929 
c 131072 0.669475 
c 131072 0.663656 
c 131072 0.683655 
c 131072 0.683738 
c 262144 1.51887 
c 262144 1.47033 
c 262144 1.47715 
c 262144 1.55989 
c 262144 1.53933 
c 262144 1.50982 
c 262144 1.51902 
c 262144 1.57128 
c 262144 1.53607 
c 262144 1.59583 
c 524288 3.54328 
c 524288 3.65543 
c 524288 3.59729 
c 524288 3.57792 
c 524288 3.5323 
c 524288 3.63049 
c 524288 3.64606 
c 524288 3.59082 
c 524288 3.5942 
c 524288 3.58232 
c 1048576 8.8313 
c 1048576 8.69534 
c 1048576 9.04035 
c 1048576 8.70845 
c 1048576 8.70882 
c 1048576 8.89728 
c 1048576 9.0441 
c 1048576 8.93243 
c 1048576 8.77835 
c 1048576 8.77891 
c 2097152 21.0474 
c 2097152 21.0328 
c 2097152 20.9023 
c 2097152 21.0539 
c 2097152 21.3529 
c 2097152 21.3792 
c 2097152 21.311 
c 2097152 21.1805 
c 2097152 21.716 
c 2097152 21.2846 

jedes Punkt ist der Median von 10 Punkten. Ich möchte die 10 Punkte auch grafisch darstellen. Aber wenn ich die zweite Zeile ändern, um geom_point (size = 3), alles nur kaputt geht ...

so für diesen Code:

require(ggplot2) 
pdf("time.pdf") 
data <- read.table("testOut.txt", sep = "\t", header = TRUE,) 

number_ticks <- function(n) {function(limits) pretty(limits, n)} 
     ggplot(data, aes(log2(n), time/n, color=alg, shape=alg))+ 
     geom_point(size=3)+ 
     stat_summary(fun.y=median, geom="line")+    
     scale_x_continuous(limits = c(7,21))+ 
     theme_bw(base_size=18)+ 
     scale_color_discrete(name="")+ 
     scale_shape_discrete(name="")+ 
     theme(legend.position="none")+ 
     theme(axis.title.x=element_blank(),axis.title.y=element_blank()) 

dev.off() 

ich folgendes:

Ich verstehe nicht, was los ist ... Ich brauche nur die 10 Punkte .... Ich denke, das Problem ist mit scale_x_continuous(limits = c(7,21)). Aus irgendeinem Grund bestimmen die ersten 7 Punkte die Skalierungsgröße, obwohl ich nicht möchte, dass sie in meinem Graphen sind!

Mit stat_summary(fun.y=median,geom="point",size=3) diese Punkte in Ordnung, werden ignoriert, aber mit geom_point(size=3) dies ist nicht der Fall ....

Answer 1

Stellen Sie die Grenzen der y-Achse wie folgt:

require(ggplot2) 
data <- read.table("testOut.txt", sep = "\t", header = TRUE) 
data$y <- data$time/data$n 
data$x <- log2(data$n) 
xmin <- 7 
xmax <- 21 
ymax <- max(data$y[data$x>=xmin & data$x<=xmax]) 

ggplot(data, aes(x=x, y=y, color=alg, shape=alg))+ 
geom_point(size=3) + 
stat_summary(fun.y=median, geom="line") +    
scale_x_continuous(limits = c(xmin,xmax))+ 
scale_y_continuous(limits = c(0,ymax)) + 
theme_bw(base_size=18) + 
scale_color_discrete(name="") + scale_shape_discrete(name="")+ 
theme(legend.position="none") + 
theme(axis.title.x=element_blank(),axis.title.y=element_blank())