Interpretieren von MetaMDS Prokrustes Rotation

Question

Funktioniert die metaMDS Funktion in vegan die Ordinationslösung so drehen, dass die erste Achse die größte Varianz erklärt? Wenn nicht, gibt es einen Weg, dies zu erreichen?

Run 20 stress 0.09957583 
... Procrustes: rmse 0.0001349268 max resid 0.0009665635 
... Similar to previous best 

Ich bin mir auch nicht sicher, wie man die procrustes Daten interpretiert. Was bedeuten die Werte für RMSE und max residual?

Danke!

Answer 1

Ja, tut es. Dokumentation (?metaMDS) drückt es so aus:

Hauptkomponenten drehen, um die Konfiguration, so dass die Varianz der Punkte auf der ersten Dimension maximiert wird

Die Ausgabe druckt auch wenn PC Rotation verwendet:

Scaling: centring, PC rotation, halfchange scaling 

Dies hat jedoch nichts mit Procrustes Rotation zu tun, die verwendet wird, um die Ähnlichkeit von Lösungen während Iterationsschritten zu beurteilen. Die PC-Rotation betrifft nur das endgültige Ergebnis.

Über Interpretation der RMSE und maximale Rest: Sie sind Statistiken, die zwei Lösungen während der Iteration vergleichen. RMSE ist eine Art durchschnittlicher Unterschied und max ist die maximale Differenz. Wenn Sie klein sind, ergaben zwei Iterationen ähnliche Ergebnisse. Um zu sehen, was sie bedeuten, führen Sie metaMDS mit der Option plot = TRUE und alle Procrustes Rotation sind bei der Ausführung der Ergebnisse geplottet. Die blauen Pfeile in diesem Diagramm zeigen die Unterschiede, und RMSE ist eine gemittelte Pfeillänge und der maximale Rest ist die Länge des längsten Pfeils. Wenn Sie nicht viele Pfeile sehen, sind zwei Lösungen so ähnlich, dass Unterschiede nicht sichtbar sind.