Dekomprimieren dann Prozess in Linux

Question

So habe ich ein Skript, das eine Datei entpackt:

#!/bin/bash -e 
# will unzip the data without removing the zipped version 
gzip -dc $1 > RawData/unzipped/$(basename $1 .gz) 

ich dann will Ausführen von Code auf dieser entpackte Datei, ich habe

# will run fast qc on the argument passed 
fastqc RawData/unzipped/$(basename $1 .gz) --outdir=fastReports/ 

aber das zweite Skript nie scheint auszuführen. (Beachten Sie diese im selben Skript sind, damit ich es war der Annahme, würde das anfängliche Skript vor dem zweiten execute)

Zip:

14624_1#10_1.fastq.gz 14624_1#12_2.fastq.gz 14624_1#4_1.fastq.gz 14624_1#7_1.fastq.gz 
14624_1#10_2.fastq.gz 14624_1#1_2.fastq.gz 14624_1#4_2.fastq.gz 14624_1#7_2.fastq.gz 
14624_1#11_1.fastq.gz 14624_1#2_1.fastq.gz 14624_1#5_1.fastq.gz 14624_1#8_1.fastq.gz 
14624_1#11_2.fastq.gz 14624_1#2_2.fastq.gz 14624_1#5_2.fastq.gz 14624_1#8_2.fastq.gz 
14624_1#1_1.fastq.gz 14624_1#3_1.fastq.gz 14624_1#6_1.fastq.gz 14624_1#9_1.fastq.gz 
14624_1#12_1.fastq.gz 14624_1#3_2.fastq.gz 14624_1#6_2.fastq.gz 14624_1#9_2.fastq.gz 

Extrahiert:

14624_1#10_1.fastq 14624_1#12_1.fastq 14624_1#3_1.fastq 14624_1#5_2.fastq 14624_1#8_1.fastq 
14624_1#10_2.fastq 14624_1#12_2.fastq 14624_1#3_2.fastq 14624_1#6_1.fastq 14624_1#8_2.fastq 
14624_1#11_1.fastq 14624_1#1_2.fastq 14624_1#4_1.fastq 14624_1#6_2.fastq 14624_1#9_1.fastq 
14624_1#11_2.fastq 14624_1#2_1.fastq 14624_1#4_2.fastq 14624_1#7_1.fastq 14624_1#9_2.fastq 
14624_1#1_1.fastq 14624_1#2_2.fastq 14624_1#5_1.fastq 14624_1#7_2.fastq 

Answer 1

Sie nur zcat verwenden könnten und bearbeiten Sie die Datei im laufenden Betrieb:

fastqc <(zcat path/to/file.gz) 

Btw, die <() Syntax ist ein Process Substitution.

Wenn Sie sowohl die entpackte Datei benötigen und das Prozessergebnis können Sie tee verwenden:

fastqc <(zcat path/to/file.gz | tee file)