Fehler beim Erstellen eines Moduls mit Rcpp

Question

Ich versuche, ein R-Modul mit Rcpp zu entwickeln. Denn es folgte ich ein (Dirk Eddelbuettel's guide)

Die Dateien meiner Bibliothek haben den Inhalt:

functions.hpp:

class myclass { 
    // my atributes and functions 
} 

functions.cpp:

#include <Rcpp.h> 

using namespace Rcpp; 

class myclass; 

RCPP_EXPOSED_CLASS(myclass) 

#include "functions.hpp" 

//Implementation of my funcions 

RCPP_MODULE(mymodule){ 
    class_<myclass>("myclass") 
    .constructor() 
    .method("oneMethod", &myclass::oneMethod) 
    //more methods 
; 

}

mypackageExports.R:

.onLoad<-function(libname, pkgname){ 
    require("methods") 
    loadRcppModules() 
} 

BESCHREIBUNG:

... 
LazyLoad: yes 
Depends: methods, Rcpp (>= 0.12.4) 
LinkingTo: Rcpp 
RcppModules: mymodule 

listet

useDynLib(mypackage) 
exportPattern("^[[:alpha:]]+") 
import(Rcpp) 

Wenn ich die Bibliothek mit dem R CMD INSTALL mypackage Befehl kompilieren habe ich den Fehler:

installing to /home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/mypackage/libs 
** R 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** testing if installed package can be loaded 

*** caught segfault *** 
address (nil), cause 'memory not mapped' 

Traceback: 
1: .Call(Module__classes_info, xp) 
2: Module(m, pkg, mustStart = TRUE) 
3: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) 
4: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]]) 
5: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers) 
6: tryCatch({ mod <- Module(m, pkg, mustStart = TRUE) if (isTRUE(direct)) {  populate(mod, ns) } else {  forceAssignInNamespace(m, mod, ns) } assign(.moduleMetaName(m), mod, envir = ns)}, error = function(e) { stop(sprintf("failed to load module %s from package %s\n%s",   m, pkg, conditionMessage(e)))}) 
7: loadRcppModules() 
8: fun(libname, pkgname) 
9: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) 
10: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]]) 
11: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers) 
12: tryCatch(fun(libname, pkgname), error = identity) 
13: runHook(".onLoad", env, package.lib, package) 
14: loadNamespace(package, lib.loc) 
15: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) 
16: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]]) 
17: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers) 
18: tryCatch(expr, error = function(e) { call <- conditionCall(e) if (!is.null(call)) {  if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch)))    call <- sys.call(-4L)  dcall <- deparse(call)[1L]  prefix <- paste("Error in", dcall, ": ")  LONG <- 75L  msg <- conditionMessage(e)  sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]]  w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w")  if (is.na(w))    w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L],     type = "b")  if (w > LONG)    prefix <- paste0(prefix, "\n ") } else prefix <- "Error : " msg <- paste0(prefix, conditionMessage(e), "\n") .Internal(seterrmessage(msg[1L])) if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"),   TRUE)) {  cat(msg, file = stderr())  .Internal(printDeferredWarnings()) } invisible(structure(msg, class = "try-error", condition = e))}) 
19: try({ attr(package, "LibPath") <- which.lib.loc ns <- loadNamespace(package, lib.loc) env <- attachNamespace(ns, pos = pos, deps)}) 
20: library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) 
21: withCallingHandlers(expr, packageStartupMessage = function(c) invokeRestart("muffleMessage")) 
22: suppressPackageStartupMessages(library(pkg_name, lib.loc = lib,  character.only = TRUE, logical.return = TRUE)) 
23: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler) 
24: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]]) 
25: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers) 
26: tryCatch(expr, error = function(e) { call <- conditionCall(e) if (!is.null(call)) {  if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch)))    call <- sys.call(-4L)  dcall <- deparse(call)[1L]  prefix <- paste("Error in", dcall, ": ")  LONG <- 75L  msg <- conditionMessage(e)  sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]]  w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w")  if (is.na(w))    w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L],     type = "b")  if (w > LONG)    prefix <- paste0(prefix, "\n ") } else prefix <- "Error : " msg <- paste0(prefix, conditionMessage(e), "\n") .Internal(seterrmessage(msg[1L])) if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"),   TRUE)) {  cat(msg, file = stderr())  .Internal(printDeferredWarnings()) } invisible(structure(msg, class = "try-error", condition = e))}) 
27: try(suppressPackageStartupMessages(library(pkg_name, lib.loc = lib,  character.only = TRUE, logical.return = TRUE))) 
28: tools:::.test_load_package("mypackage", "/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3") 
An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ... 
Segmentation fault (core dumped) 
ERROR: loading failed 

Kann jemand (@DirkEddelbuettel , mein Rcpps Guru) erzähle was ich gerade mache wro ng?

Answer 1

Am Ende habe ich das Problem entdeckt, mit einem Konflikt mit einer Abhängigkeit verbunden war ich raubend bin und das ist der Rcpp.h

Answer 2

Nun, Sie haben einen Leitfaden von 2012 verwendet. Manchmal ändern sich die Dinge. Ich würde empfehlen auch Blick auf aktuelle Pakete mit Modulen.

Sie hier nicht mehr benötigen

.onLoad<-function(libname, pkgname){ 
    require("methods") 
    loadRcppModules() 
} 

Seit 2013 über alles, was wir verlangen eine einzige loadModule("moduleName", TRUE) in einem R ist, wirklich jede R-Datei.

Zum Beispiel kann der gesamten Inhalt des R/ Verzeichnisses der RcppCNPy package ist dies

edd@max:~/git/rcppcnpy(master)$ cat R/*.R 

loadModule("cnpy", TRUE) 


edd@max:~/git/rcppcnpy(master)$ 

als das Paket cnpy ein einzelnes Modul definiert.

Ebenso brauchen wir die RcppModules: ... Zeile in BESCHREIBUNG nicht mehr.

Schließlich enthält das Rcpp-Paket selbst ein vollständig funktionierendes Paket mit Modulen für seine eigenen Komponententests. Das kannst du dir auch ansehen.

Edit: Sie wollen wahrscheinlich auch auf importFrom(Rcpp, evalCpp) oder gleich in NAMESPACE die RCPP instanziiert wird.