Wie schreibe ich genetische Distanzwerte zwischen Genotypen in Csv-Datei mit POPPr-Paket in R?

Question

Ich berechnete die genetische Entfernung basierend auf SNP-Genotyp-Daten für meine Genotypen mit provesti distance mit Biss-Funktion. Ich habe diesen folgenden Code für diese

snpsdist<-bitwise.dist(snps) 
save(snpsdist, ascii=TRUE, file="GPdist.CSV") 
write.table(snpsdist,"bitwise.csv") 

möchte ich meine Abstandswerte wie unten Format, aber ich nicht tun kann, so

  A  B  C  
A  0 
B  0.34 0 
C  0.39 0.45 0 

jemand mir helfen, meine Ergebnisse wie oben Format zu schreiben? jede Hilfe in dieser Hinsicht würde sehr geschätzt werden, Entschuldigung, wenn ich keine Kodierungsstandards in diesem Beitrag befolge Danke und Rücksicht

Answer 1

Ein paar Vorschläge.

Konvertieren Sie die Abstandsmatrix in eine vollständige Matrix. Dies wird das obere Dreieck mit einem Spiegelbild der unteren bevölkern.

m <- as.matrix(dist(c(1, 3, 2, 5))) 
m 
# 1 2 3 4 
# 1 0 2 1 4 
# 2 2 0 1 2 
# 3 1 1 0 3 
# 4 4 2 3 0 

Sie können das obere Dreieck mit den Werten Ihrer Wahl, wie NA ersetzen.

m[upper.tri(m)] <- NA 
m 
# 1 2 3 4 
# 1 0 NA NA NA 
# 2 2 0 NA NA 
# 3 1 1 0 NA 
# 4 4 2 3 0 

Oder Sie können das obere Dreieck durch leere Zeichenfolgen ersetzen. Dies zwingt die Matrix dazu, vom Typ Zeichen zu sein.

m[upper.tri(m)] <- "" 
m 
# 1 2 3 4 
# 1 "0" "" "" "" 
# 2 "2" "0" "" "" 
# 3 "1" "1" "0" "" 
# 4 "4" "2" "3" "0" 

write.csv(m, "m.csv") 

Ob eine dieser Lösungen hängt davon ab, arbeiten, wo Sie planen, die CSV-Datei zu senden (ich nehme an, es durch eine andere Software verwendet werden soll).