Keine Ausgabe beim Auffinden der häufigsten k-mers in Text

Question

Wenn ich dies ausfühle, gibt es keine Antwort. Warum oder was könnte dieses Problem verursachen?

Hier ist der Code, den ich ausprobiert habe.

#Frequent Words 

name = raw_input("Enter file:") 
if len(name) < 1 : 
    name = "dataset_2_10.txt" 
handle = open(name,"r") 
Text = handle.read() 
k = raw_input("Enter k:") 
k = int(k) 

def PatternCount(Text,Pattern): 
    count = 0 
    i = 0 
    while i < len(Text)-len(Pattern): 
     if Text[i:i+len(Pattern)] == Pattern : 
      count = count + 1 
     i = i + 1 
    return count 

FrequentPatterns = list() 
i = 0 
Count = list() 
while i < len(Text)-k: 
    Pattern = Text[i:i+k] 
    Count.append(PatternCount(Text,Pattern)) 
    i = i + 1 
maxCount = max(Count) 
#print maxCount 
j = 0 
while j < len(Text)-k: 
    if Count[j] == maxCount: 
     FrequentPatterns.append(Text[j:j+k]) 
     print Count[j] 
     j = j + 1 
print FrequentPatterns 

Jede Hilfe würde sehr geschätzt werden.

Answer 1

Sie erhalten keine Ausgabe, da Sie jedes Mal, wenn Sie ein k größer als eins bereitstellen, in eine Endlosschleife geraten.

Dies liegt daran, dass Sie in der zweiten While-Schleife nur j erhöhen, wenn der k-mer gefunden wurde. Aber da die Bedingung if Count[j] == maxCount: nicht immer für k> 1 erfüllt ist, erreichen Sie nicht die j = j + 1 und j bleibt gleich. (Sie können sehen, dass, wenn Sie einen Druck Anweisung der Schleife hinzufügen.)

dies die j = j + 1 aus dem if-Block bewegen zu beheben (wo es jetzt ist) auf der Schleife, wie folgt aus:

j = 0 
while j < len(Text)-k: 
    if Count[j] == maxCount: 
     FrequentPatterns.append(Text[j:j+k]) 
     print Count[j] 
    j = j + 1 

Jetzt wird j jedes Mal inkrementiert, unabhängig davon, ob das k-mer gefunden wurde oder nicht.

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Das heißt, in Python gibt es einen besseren Weg, dies zu tun. Sie können eine For-Schleife verwenden, um über alle Indizes zu iterieren, wie Sie es jetzt tun, aber ohne die Gefahr von Endlosschleifen. Betrachten Sie dies:

i = 0 
while i < 10: 
    print i 
    i = i + 1 

for j in range(10): 
    print(j) 

Die zweite Schleife ergibt das gleiche Ergebnis und ist viel weniger anfällig für Fehler. Sie erzeugen eine Liste der Nummern [0, .., 9] mit range(10) und verwenden dann jedes Element aus der Liste.