R 3.0.0 Update hat Lasten von 2.x Paketen inkompatibel

Auf Ubuntu 10.04 habe ich heute Morgen eine Ladung der R (ubuntu) Pakete aktualisiert. Dann das erste R-Skript, das ich versucht habe, sagte mir, dass Zoo nicht für R 3.0.0 gebaut wurde. Also mache ich sudo R und dann update.packages(ask=F) unter der Annahme, dass es alle CRAN-Pakete, die ich in den letzten paar Jahren installiert habe, in Synchronisation bringen würde.R 3.0.0 Update hat Lasten von 2.x Paketen inkompatibel

Aber es hat nicht, und Zoo, Rcpp und mehr funktionieren nicht. In der Tat sind mehr als die Hälfte meiner installierten Pakete noch für 2.x.x gebaut; die Liste ist unten (x=installed.packages();x[sort.list(x[,'Built']),c('Built','Version','Depends','LinkingTo','NeedsCompilation')])

Ist das schwer, nicht alle Pakete sind bereit für 3.0.0, und ich sollte (in Ubuntu) auf die vorherige Version zurückkehren? Oder muss ich eine andere CRAN-Site für 3.x.x verwenden? Würden alle 2.x-Pakete gelöscht und dann wieder neu installiert werden? Oder ...?

    Built Version  Depends               LinkingTo    NeedsCompilation 
Defaults   "2.13.1" "1.1-1"  NA                 NA     NA    
itertools   "2.13.1" "0.1-1"  "R (>= 2.5.0), iterators(>= 1.0.0)"        NA     NA    
openNLP    "2.13.1" "0.0-8"  NA                 NA     NA    
reshape    "2.13.1" "0.8.4"  "R (>= 2.6.1), plyr"            NA     NA    
RUnit    "2.13.1" "0.4.26" "R (>= 2.5.0), utils (>= 2.5.0), methods (>= 2.5.0)"    NA     NA    
multicore   "2.14.1" "0.1-7"  "R (>= 2.0.0)"              NA     NA    
RMySQL    "2.15.0" "0.9-3"  "R (>= 2.8.0), methods, DBI (>= 0.2-2), utils"      NA     NA    
foreach    "2.15.1" "1.4.0"  "R (>= 2.5.0)"              NA     NA    
iterators   "2.15.1" "1.0.6"  "R (>= 2.5.0), utils"            NA     NA    
labeling   "2.15.1" "0.1"  NA                 NA     NA    
memoise    "2.15.1" "0.1"  NA                 NA     NA    
RColorBrewer  "2.15.1" "1.0-5"  "R (>= 2.0.0)"              NA     NA    
bitops    "2.15.2" "1.0-5"  NA                 NA     NA    
e1071    "2.15.2" "1.6-1"  "class"               NA     NA    
IBrokers   "2.15.2" "0.9-10" "xts"                NA     NA    
mgcv    "2.15.2" "1.7-22" "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         NA     NA    
munsell    "2.15.2" "0.4"  NA                 NA     NA    
randomForest  "2.15.2" "4.6-7"  "R (>= 2.5.0), stats"            NA     NA    
rbenchmark   "2.15.2" "1.0.0"  NA                 NA     NA    
tree    "2.15.2" "1.0-33" "R (>= 2.15.0), grDevices, graphics, stats"      NA     NA    
tseries    "2.15.2" "0.10-30" "R (>= 2.10.0)"             NA     NA    
zoo     "2.15.2" "1.7-9"  "R (>= 2.10.0), stats"            NA     NA    
Cairo    "2.15.3" "1.5-2"  "R (>= 2.4.0)"              NA     NA    
dichromat   "2.15.3" "2.0-0"  "R (>= 2.10), stats"            NA     NA    
digest    "2.15.3" "0.6.3"  "R (>= 2.4.1)"              NA     "yes"    
doMC    "2.15.3" "1.3.0"  "R (>= 2.14.0), foreach(>= 1.2.0), iterators(>= 1.0.0),\nparallel" NA     "no"    
FastRWeb   "2.15.3" "1.1-0"  "R (>= 2.0.0), Cairo"            NA     NA    
forecast   "2.15.3" "4.03"  "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         "Rcpp, RcppArmadillo" "yes"    
fracdiff   "2.15.3" "1.4-2"  NA                 NA     NA    
ggplot2    "2.15.3" "0.9.3.1" "R (>= 2.14), stats, methods"          NA     "no"    
gtable    "2.15.3" "0.1.2"  "R (>= 2.14), grid"            NA     NA    
inline    "2.15.3" "0.3.11" "R (>= 2.4.0), methods"           NA     "no"    
microbenchmark  "2.15.3" "1.3-0"  NA                 NA     "yes"    
nnet    "2.15.3" "7.3-6"  "R (>= 2.14.0), stats, utils"          NA     "yes"    
PerformanceAnalytics"2.15.3" "1.1.0"  "R (>= 2.14.0), zoo, xts (>= 0.8-9)"        NA     NA    
plyr    "2.15.3" "1.8"  "R (>= 2.11.0)"             NA     NA    
proto    "2.15.3" "0.3-10" NA                 NA     NA    
quantmod   "2.15.3" "0.4-0"  "Defaults, xts(>= 0.9-0), zoo, TTR(>= 0.2), methods"    NA     NA    
Rcpp    "2.15.3" "0.10.3" "R (>= 2.15.1)"             NA     "yes"    
RcppArmadillo  "2.15.3" "0.3.800.1" "R (>= 2.14.0), Rcpp (>= 0.10.2)"         "Rcpp"    "yes"    
RCurl    "2.15.3" "1.95-4.1" "R (>= 2.7.0), methods, bitops"         NA     "yes"    
reshape2   "2.15.3" "1.2.2"  NA                 NA     NA    
RInside    "2.15.3" "0.2.10" "R (>= 2.10.0), Rcpp (>= 0.8.5)"         "Rcpp"    NA    
rJava    "2.15.3" "0.9-4"  "R (>= 2.5.0), methods"           NA     "yes"    
rjson    "2.15.3" "0.2.12" "R (>= 2.12.0)"             NA     NA    
Rserve    "2.15.3" "1.7-0"  "R (>= 1.5.0)"              NA     NA    
RWeka    "2.15.3" "0.4-16" "R (>= 2.6.0)"              NA     "no"    
RWekajars   "2.15.3" "3.7.9-1" NA                 NA     "no"    
scales    "2.15.3" "0.2.3"  "R (>= 2.12), methods"            NA     NA    
slam    "2.15.3" "0.1-28" "R (>= 2.8.0)"              NA     NA    
stringr    "2.15.3" "0.6.2"  "R (>= 2.14)"              NA     NA    
tm     "2.15.3" "0.5-8.3" "R (>= 2.14.0), methods"           NA     NA    
TTR     "2.15.3" "0.22-0" "xts (>= 0.9-3)"             "xts"     "yes"    
XML     "2.15.3" "3.96-1.1" "R (>= 1.2.0), methods, utils"          NA     "yes"    
xts     "2.15.3" "0.9-3"  "zoo (>= 1.7-2)"             "zoo (>= 1.7.2)"  NA    
xtsExtra   "2.15.3" "0.0-1"  "zoo, xts"               NA     NA    
colorspace   "3.0.0" "1.2-2"  "R (>= 2.13.0), methods"           NA     "yes"    
DBI     "3.0.0" "0.2-7"  "R (>= 2.15.0), methods"           NA     "no"    
Hmisc    "3.0.0" "3.10-1.1" "R (>= 2.4.0), methods, survival"         NA     "yes"    
quadprog   "3.0.0" "1.5-5"  "R (>= 2.15.0)"             NA     "yes"    
RSQLite    "3.0.0" "0.11.3" "R (>= 2.10.0), methods, DBI (>= 0.2-5)"       NA     "yes"    
base    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
boot    "3.0.0" "1.3-9"  "R (>= 3.0.0), graphics, stats"         NA     NA    
class    "3.0.0" "7.3-7"  "R (>= 3.0.0), stats, utils"          NA     "yes"    
cluster    "3.0.0" "1.14.4" "R (>= 2.10.0), stats, graphics, utils"       NA     "yes"    
codetools   "3.0.0" "0.2-8"  "R (>= 2.1)"              NA     NA    
compiler   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
datasets   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
foreign    "3.0.0" "0.8-53" "R (>= 2.14.0), stats"            NA     "yes"    
graphics   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
grDevices   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
grid    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
KernSmooth   "3.0.0" "2.23-10" "R (>= 2.5.0), stats"            NA     "yes"    
lattice    "3.0.0" "0.20-15" "R (>= 2.15.1)"             NA     "yes"    
MASS    "3.0.0" "7.3-26" "R (>= 3.0.0), grDevices, graphics, stats, utils"     NA     "yes"    
Matrix    "3.0.0" "1.0-12" "R (>= 2.15.0), stats, methods, utils, lattice"     NA     "yes"    
methods    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
mgcv    "3.0.0" "1.7-22" "R (>= 2.14.0), stats, graphics"         NA     NA    
nlme    "3.0.0" "3.1-109" "graphics, stats, R (>= 3.0.0)"         NA     NA    
nnet    "3.0.0" "7.3-6"  "R (>= 2.14.0), stats, utils"          NA     "yes"    
parallel   "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
rpart    "3.0.0" "4.1-1"  "R (>= 2.14.0), graphics, stats, grDevices"      NA     "yes"    
spatial    "3.0.0" "7.3-6"  "R (>= 3.0.0), graphics, stats, utils"        NA     NA    
splines    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
stats    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
stats4    "3.0.0" "3.0.0"  "methods, graphics, stats"           NA     NA    
survival   "3.0.0" "2.37-4" "stats, utils, graphics, splines, R (>= 2.13.0)"     NA     "yes"    
tcltk    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
tools    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA    
utils    "3.0.0" "3.0.0"  NA                 NA     NA

Quelle

2013-05-12 Darren Cook

BTW Es gibt 110 Pakete auf CRAN, die auf RCPP abhängen, und sie alle arbeiten mit R 2.15 * _and_ R 3.0.0, aber Sie müssen richtig nehmen. Sorge für Dinge an deinem Ende. –

Als Nebenbemerkung: Verwenden von 'Sudo' ist wahrscheinlich keine gute Idee; Es wäre besser, ein Mitglied der Gruppe zu werden, der das Bibliotheksverzeichnis gehört. – GSee

Vielleicht möchten Sie einige Ihrer Spalten loswerden, damit die wichtige Spalte (ganz rechts) leichter zu finden ist (ohne scrollen zu müssen). Ich habe es beim ersten Mal übersehen, als ich diesen Beitrag gelesen habe. –

Der erforderliche Befehl ist nicht, was Sie Zustand: update.packages(ask=F) sondern die folgenden update.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE).

Versuchen Sie das, und natürlich wird auf alle noch gewarteten und verfügbaren CRAN-Pakete geachtet. Dinge, die Sie von Github, Simons Rforge, R-Schmiede oder anderen zufälligen Repos installiert haben, benötigen manuelle Hilfe.

Dieses Problem wurde seit R 3.0.0 an verschiedenen Orten ausführlich diskutiert.

Quelle

2013-05-12 02:18:47

Danke Dirk, das hat es behoben. Du wirst froh sein, dass es jetzt auch auf StackOverflow diskutiert wurde - es wird dir viel Replay bescheren ;-) –

Nur zur Klarstellung; Sind wir jetzt in einer Situation, in der die Debian/Ubuntu r-cran apt-Pakete zurückliegen und alles wie texlive vermasseln werden? Ich kann nicht scheinen, dass irgendeine dieser Lösungen funktioniert, also entferne ich alles und beginne von "r-base". –

@TrevorAlexander: Das ist eine unbeantwortbare Frage. Welche Distribution? Welche Version? Was ist dein Problem? Frage etwas Greifbares und Reproduzierbares auf der r-sig-debian-Liste (welche Server auch für Ubuntu), anstatt hier eine 18 Monate alte Frage zu entführen. –

Die Antwort von Dirk hat mich am meisten erreicht, nur xtsExtra, das von R-Forge installiert wurde. Ich empfehle gegenupdate.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE, repos="http://R-Forge.R-project.org") wie scheint, einige der CRAN-Pakete mit ihrer R-Forge-Version zu aktualisieren; das könnte bedeuten, dass es mehr experimentelle Versionen (?) installiert.

So habe ich diese statt:

remove.packages('xtsExtra') 
install.packages("xtsExtra", repos="http://R-Forge.R-project.org")

Quelle

2013-05-12 06:20:51

Kennen Sie [diesen Beitrag] (http://stackoverflow.com/questions/3971815/automagic-update-packages-installed-from-r-forge)? – GSee

Danke @Gsee. Das war interessant, nicht zuletzt um zu zeigen, dass es keinen einfacheren Weg gibt. Nun, eigentlich gibt es einen einfacheren Weg: siehe meine Antwort ;-) –

folge ich nicht. Sie schlagen vor, alle Pakete, die Sie von R-Forge aktualisieren möchten, zu entfernen und sie dann neu zu installieren? – GSee

R 3.0.0 Update hat Lasten von 2.x Paketen inkompatibel

Antwort

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