exctract korrelierten Elementen einer Korrelationsmatrix

Question

Ich habe eine Korrelationsmatrix R in und ich möchte, wie viele Gruppen (und setzen diese Gruppen in Vektoren) kennen von Elementen zwischen ihnen in mehr als 95% zu korrelieren.

X <- matrix(0,3,5) 
X[,1] <- c(1,2,3) 
X[,2] <- c(1,2.2,3)*2 
X[,3] <- c(1,2,3.3)*3 
X[,4] <- c(6,5,1) 
X[,5] <- c(6.1,5,1.2)*4 

cor.matrix <- cor(X) 
cor.matrix <- cor.matrix*lower.tri(cor.matrix) 
cor.vector <- which(cor.matrix>0.95, arr.ind=TRUE) 

cor.vector dann enthält:

 row col 
[1,] 2 1 
[2,] 3 1 
[3,] 3 2 
[4,] 5 4 

Das heißt, wie zu erwarten, dass die Vektoren 1,2 und 3 Korrelat zwischen ihnen, und auch 4 und 5

Was ich brauchen würde ist es, zwei Vektoren c(1,2,3) und c(4,5) als Endergebnis zu erhalten.

Dies ist ein einfaches Beispiel, bin ich die Verarbeitung obwohl große Matrizen.

Answer 1

Hier ist ein Ansatz mit igraph Paket:

require(igraph) 
g <- graph.data.frame(cor.vector, directed = FALSE) 
split(unique(as.vector(cor.vector)), clusters(g)$membership) 
# $`1` 
# [1] 2 3 1 

# $`2` 
# [1] 5 4 

Was dies im Wesentlichen tut, ist den Cluster in der graphischen Darstellung g (getrennt Sets) zu finden, wie in der nachfolgenden Abbildung dargestellt. Da die Scheitelpunkte verwendet werden, um das Diagramm in der von Ihnen eingegebenen Reihenfolge zu erstellen (aus Ihrer cor.vector), kommt die Clustering-Reihenfolge auch in der gleichen Reihenfolge zurück. Das heißt: Für die Knoten c (2,3,5,1,4) sind die Cluster c (1,1,2,1,2) mit insgesamt zwei Clustern (Cluster 1 und Cluster 2). Wir verwenden das also nur, um die Clustergruppe zu teilen.