2017-10-21 3 views
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Ich benutze die Bio.jl (Bio.Seq) zum Durchlaufen von Dateien. Jetzt möchte ich zwei Dateien gleichzeitig durchgehen. Gibt es eine Möglichkeit dies ähnlich wie bei normalen Dateien zu erreichen? Oder anders?Julia Bio.jl begehen Dateien gleichzeitig

z.B .:

reader1 = open(FASTQ.Reader, "reads1.fastq") 
reader2 = open(FASTQ.Reader, "reads2.fastq") 

secondfile = readlines(reader2) 

for (lines,record) in enumerate(reader1) 
    seqnamefirstfile = record.name 
    seqnamesecondfile = secondfile[lines].name 
end 
close(reader) 
+0

Verwenden Sie Multithreading oder Multiprocessing? –

+0

das ist möglich, aber ich muss etwas mit den entsprechenden Zeilen in beiden Dateien tun, oder ich würde sie vorher speichern müssen – riasc

Antwort

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Vielleicht zip mit?

reader1 = open(FASTQ.Reader, "reads1.fastq") 
reader2 = open(FASTQ.Reader, "reads2.fastq") 

for (read1,read2) in zip(reader1,reader2) 
    seqnamefirstfile = read1.name 
    seqnamesecondfile = read2.name 
end 
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