Verkettung Ersetzen mit beitreten

Question

Ich habe Code, der unten angegeben wird:

for pileupcolumn in samfile.pileup(max_depth = 1000000) : 
    X.append(pileupcolumn.n) 
    for pileupread in pileupcolumn.pileups: 
    if (pileupread.alignment.mapping_quality <= 15): 
      continue  
    if not pileupread.is_del and not pileupread.is_refskip: 
      if pileupread.alignment.query_qualities[pileupread.query_position] < 30: 
      # Skip entries with base phred scores < 10 
        continue 
      if pileupread.alignment.is_reverse: #negative 
        ReverseList[pileupcolumn.pos] += pileupread.alignment.query_sequence[pileupread.query_position] 
      else: 
        ForwardList[pileupcolumn.pos] += pileupread.alignment.query_sequence[pileupread.query_position] 

Der obige Code viel Zeit nimmt und ich möchte Verkettung in der 11. und 13. Zeile ersetzen verbinden. Gibt es einen Weg dazu?

Answer 1

Anstatt verketten, sammeln Sie die Werte in einer Liste, dann schließen Sie die Liste am Ende der Schleife.

for pileupcolumn in samfile.pileup(max_depth = 1000000) : 
    X.append(pileupcolumn.n) 
    forward = [] 
    reverse = [] 
    for pileupread in pileupcolumn.pileups: 
    if (pileupread.alignment.mapping_quality <= 15): 
      continue  
    if not pileupread.is_del and not pileupread.is_refskip: 
      if pileupread.alignment.query_qualities[pileupread.query_position] < 30: 
      # Skip entries with base phred scores < 10 
        continue 
      if pileupread.alignment.is_reverse: #negative 
        reverse.append(pileupread.alignment.query_sequence[pileupread.query_position]) 
      else: 
        forward.append(pileupread.alignment.query_sequence[pileupread.query_position]) 
    ReverseList[pileupcolumn.pos] += ''.join(reverse) 
    ForwardList[pileupcolumn.pos] += ''.join(forward) 

Ich benutze immer noch Verkettung am Ende, weil diese Optimierung nur für die for pileupread Schleife funktioniert. Wenn verschiedene pileupcolumn Objekte denselben pos haben, müssen wir an diesem Punkt verketten. Wir benötigen diese Verkettung auch, wenn die ReverseList Elemente bereits Werte haben, bevor dieser Code ausgeführt wird.