Wie finde ich einen R-Fehler?

Question

Manchmal R wirft mir Fehler wie

Fehler if (ncol (x) = 2!) {: Argument der Länge Null

ohne zusätzliche Informationen, wenn ich geschrieben habe kein solcher Code. Gibt es eine allgemeine Möglichkeit zu finden, welche Funktion in welchem ​​Paket einen Fehler verursacht?

Da die meisten Pakete komprimiert sind, ist es nicht trivial, /usr/lib/R/library zu grep.

Answer 1

Sie können traceback() verwenden, um zu lokalisieren, wo der letzte Fehler aufgetreten ist. In der Regel wird es Sie auf einen Anruf hinweisen, den Sie in Ihrer Funktion tätigen. Dann setze ich normalerweise browser() an diesem Punkt, führen Sie die Funktion erneut aus und sehen Sie, was falsch läuft.

Zum Beispiel sind hier zwei Funktionen:

f2 <- function(x) 
{ 
    if (x==1) "foo" 
} 

f <- function(x) 
{ 
    f2(x) 
} 

Beachten Sie, dass f2() ein Argument der Länge 1 annimmt. Wir können f mißbrauchen:

> f(NULL) 
Error in if (x == 1) "foo" : argument is of length zero 

Jetzt sind wir traceback() verwenden können, um zu lokalisieren, was schief gelaufen ist:

> traceback() 
2: f2(x) at #3 
1: f(NULL) 

Die Zahl bedeutet, wie tief wir in den verschachtelten Funktionen sind. So sehen wir, dass f ruft f2 und das gibt einen Fehler bei der Leitung 3. Ziemlich klar. Wir könnten f mit browser neu zuweisen, die gerade vor dem f2 Anruf jetzt gesetzt wird, um seinen Eingang zu überprüfen. browser() ermöglicht Ihnen einfach, die Ausführung einer Funktion zu stoppen und sich in ihrer Umgebung umzusehen. Ähnlich wie debug und debugonce mit der Ausnahme, dass Sie nicht jede Zeile bis zu dem Punkt ausführen müssen, von dem Sie wissen, dass etwas schief geht.

Answer 2

Nur um hinzuzufügen, was @SachaEpskamp bereits vorgeschlagen hat, kann die Einstellung options(error=recover) und options(show.error.locations=TRUE) beim Debuggen von unbekanntem Code sehr hilfreich sein. Der erste bewirkt, dass R im Fehlerfall eine Debugging-Sitzung startet, wodurch Sie die Möglichkeit erhalten, den Browser an jedem Punkt des Aufruf-Stacks bis zu diesem Fehler aufzurufen. Die zweite Option teilt R mit, die Quellzeilennummer in den Fehler aufzunehmen.