bioconda: Keine solche Datei oder Verzeichnis verrührt

Question

Ich versuche, ein neues Paket (verifybamid) für bioconda zu bauen. Ich betreibe dies auf einer minimalen Linux-VM mit docker, conda, bioconda-utils usw. eingerichtet. conda build verifybamid funktioniert. Wenn ich versuche ./simulate-travis.py --packages verifybamid --loglevel=debug Dinge funktionieren zunächst gut, aber schließlich bekomme ich eine No such file or directory: mulled-build von test_package() aufgerufen. Nach den bioconda-utils:

jedes gebauten Paket kann nun in einem isolierten Busybox Behälter dank Glühwein-build und involucro getestet werden. Dies führt zu Problemen, wenn ein Rezept keine libs (z. B. libgcc) in den Ausführungsabhängigkeiten angeben kann.

aber welches Paket muss ich installieren, damit dies funktioniert?

Danke, Andreas

Answer 1

Sie benötigen Galaxie-lib zu installieren. Eigentlich sollte es mit Ihrer Requiremets.txt-Datei als Abhängigkeit von bioconda-utils kommen. Wenn nicht, machen Sie bitte eine conda install galaxy-lib und Sie erhalten eine Verknüpfung, um sehr effiziente Docker-Container aus Conda-Paketen zu erstellen.

Cheers, Bjoern