Mit der occ_search-Funktion des rgbif-Pakets in R

Question

konnte ich keine Occurrence-Daten abrufen. Ich versuche, Datensätze für class = Mammalia aus dem rgbif R-Paket zu erhalten. Zuerst habe ich versucht, die usageKey:

key <- name_backbone(name = "Mammalia") 

, die erfolgreich die usageKey zurückgegeben.

Dann habe ich versucht occ_search und erhielt die folgenden Fehler mit:

occ_search(taxonKey = key, limit = 20) 

Error: Invalid integer range: Mammalia

occ_search(taxonKey = key, limit = 10) 

Error: Invalid integer range: Mammalia

mir jemand zu diesem Thema helfen?

Answer 1

Sie verpassten ein sehr kleines Detail bei der Verwendung der key. Beachten Sie, dass Ihre Variable key eine Liste ist. Um es als taxonKey zu verwenden, müssen Sie über den Operator $ darauf zugreifen. Hier ist, was ich habe:

library(rgbif) 
key <- name_backbone(name = "Mammalia") 
key$usageKey 
## [1] 359 

Alternativ können Sie die Doppelbügel-Operator ([[]]):

key[[1]] 
## [1] 359 

Nun, sollten Sie kein Problem haben, den Zugriff auf die Taxonomie Informationen:

occ_search(taxonKey = key$usageKey, limit = 20) 

## Records found [10730158] 
## Records returned [20] 
## No. unique hierarchies [3] 
## No. media records [1] 
## No. facets [0] 
## Args [taxonKey=359, limit=20, offset=0, fields=all] 
## # A tibble: 20 × 61 
##   name  key decimalLatitude decimalLongitude issues 
##   <chr>  <int>   <dbl>   <dbl> <chr> 
## 1 Lynx lynx 1424727732  63.43489   9.950017 gass84 
## 2 Canis lupus 1425221384  60.65852  12.068240 gass84 
## (more records omitted) 

Hoffe das hilft.