Iterieren über das Verzeichnis mit dem angegebenen Pfad in Bash

Question

Mein Ziel ist es, einen Pfad an meinen Dateinamen anzuhängen. Ich kann über einen Ordner iterieren und den Dateinamen erhalten, wenn ich den Pfad nicht angehängt habe. Meine Herausforderung ist, wenn ich den Pfad echo fileName hinzufügen mein regulärer Ausdruck funktioniert nicht mehr und ich bekomme "/home/erikrasmussen/Desktop/Script/realLargeMetaBatBinscontigs.fa.metabat-bins-*" wo der reguläre Ausdruck '*' wie a behandelt wird Zeichenfolge. Wie kann ich den Pfad und den vollständigen Dateinamen erhalten, während ich über einen Ordner mit Dateien iteriere?

Answer 1

Obwohl ich nicht wirklich wissen, wie Sie Ihre Dateien auf Ihrer Festplatte angeordnet sind, deutet darauf hin, ein flüchtiger Blick auf "/home/erikrasmussen/Desktop/Script/realLargeMetaBatBinscontigs.fa.metabat-bins-*", dass es ein / vor contigs fehlt. Wenn das der Fall ist, dann sollten Sie Ihre Definition von Bins ändern: Allerdings

bins="${pathToBins}/contigs.fa.metabat-bins-*" 

, es ist viel robuster bash-Arrays, anstatt sich auf Dateinamen verwenden, um keine Leerzeichen und Meta-Zeichen enthalten. So würde ich vorschlagen:

bins=(${pathToBins}/contigs.fa.metabat-bins-*) 
for fileName in "${bins[@]}" 
do 
    echo "$fileName" 
done 

Bash normalerweise kein Muster erweitern, die keine Datei übereinstimmt, so dass in diesem Fall, dass Sie das ursprüngliche Muster sehen. Wenn Sie die Array-Formulierung oben verwenden, können Sie die Bash-Option nullglob setzen, wodurch das nicht angepasste Muster stattdessen verschwindet und ein leeres Array zurückbleibt.