install.package() auf RStudio auf Amazon EC2 funktioniert nicht. Paket nicht verfügbar für R-Version 3.3.3

Question

Ich habe gesehen: How should I deal with "package 'xxx' is not available (for R version x.y.z)" warning?

und durch die Liste. Kein Glück. Ich habe auch über SSH zu meiner Bibliothek navigiert, um zu sehen, ob es eine LOCK-Datei oder eine beschädigte Installation gab. Es ist nichts da.

Ich habe buchstäblich RStudio auf Amazon EC2 installiert und kann keine neuen Pakete installieren. Ich habe es so gemacht: https://aws.amazon.com/blogs/big-data/running-r-on-aws/ ich auch Ubuntu mit Louis Anslett AMI verwendet haben: http://www.louisaslett.com/RStudio_AMI/

ich das gleiche Problem in beide erhalten. Ich habe sie manuell heruntergeladen und die tar.gz-Dateien aus dem temporären Verzeichnis installiert. Das CRAN-Repository scheint in Ordnung zu sein, da install.packages() das tar.gz nach/tmp/Rtmp2Rh9Zr/downloaded_packages/herunterlädt, aber dann schlägt der eigentliche Installationsvorgang fehl.

Als ich install.packages („Hafen“) zum Beispiel laufen, heißt es

> install.packages("haven") 
Installing package into ‘/home/jblocher/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.3’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
also installing the dependencies ‘R6’, ‘assertthat’, ‘rlang’, ‘Rcpp’, ‘readr’, ‘hms’, ‘tibble’, ‘BH’ 

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/R6_2.2.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 325641 bytes (318 KB) 
================================================== 
downloaded 318 KB 

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/assertthat_0.2.0.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 11612 bytes (11 KB) 
================================================== 
downloaded 11 KB 

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/rlang_0.1.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 201419 bytes (196 KB) 
================================================== 
downloaded 196 KB 

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/Rcpp_0.12.11.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 2485092 bytes (2.4 MB) 
================================================== 
downloaded 2.4 MB 

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/readr_1.1.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 233793 bytes (228 KB) 
================================================== 
downloaded 228 KB 

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/hms_0.3.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 7271 bytes 
================================================== 
downloaded 7271 bytes 

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/tibble_1.3.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 91235 bytes (89 KB) 
================================================== 
downloaded 89 KB 

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/BH_1.62.0-1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 10181096 bytes (9.7 MB) 
================================================== 
downloaded 9.7 MB 

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/haven_1.0.0.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 150016 bytes (146 KB) 
================================================== 
downloaded 146 KB 

Error in library(haven) : there is no package called ‘haven’ 
Execution halted 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘R6’ had non-zero exit status 
Error in library(haven) : there is no package called ‘haven’ 
Execution halted 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘assertthat’ had non-zero exit status 
Error in library(haven) : there is no package called ‘haven’ 
Execution halted 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘rlang’ had non-zero exit status 
Error in library(haven) : there is no package called ‘haven’ 
Execution halted 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘Rcpp’ had non-zero exit status 
Error in library(haven) : there is no package called ‘haven’ 
Execution halted 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘hms’ had non-zero exit status 
Error in library(haven) : there is no package called ‘haven’ 
Execution halted 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘BH’ had non-zero exit status 
Error in library(haven) : there is no package called ‘haven’ 
Execution halted 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘tibble’ had non-zero exit status 
Error in library(haven) : there is no package called ‘haven’ 
Execution halted 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘readr’ had non-zero exit status 
Error in library(haven) : there is no package called ‘haven’ 
Execution halted 
Warning in install.packages : 
    installation of package ‘haven’ had non-zero exit status 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/Rtmpia0VEs/downloaded_packages’ 

Wenn ich es mit dem bereits heruntergeladenen Paket zu installieren, sagt es

> install.packages("/tmp/Rtmp2Rh9Zr/downloaded_packages/haven_1.0.0.tar.gz") 
Installing package into ‘/home/jblocher/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.3’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
Warning in install.packages : 
    package ‘/tmp/Rtmp2Rh9Zr/downloaded_packages/haven_1.0.0.tar.gz’ is not available (for R version 3.3.3) 

Answer 1

Wenn Sie sich eine Archivdatei zu install.packages müssen Sie repos=NULL angeben:

install.packages("/tmp/Rtmp2Rh9Zr/downloaded_packages/haven_1.0.0.tar.gz", repos=NULL) 

Answer 2

Auf meiner EC2-Instanz stieß ich auf die gleichen Probleme, wenn ich versuchte, Pakete auf RStudio, z. B. Auto, zu installieren, die RAM-intensive Kompilationen beinhalten. Dies könnte durch Hinzufügen von Swap-Speicher festgelegt werden, wie hier beschrieben

http://www.exegetic.biz/blog/2015/06/amazon-ec2-adding-swap/